蓖麻bZIP基因家族的全基因组鉴定、生物信息学及表达分析.docx

蓖麻bZIP基因家族的全基因组鉴定、生物信息学及表达分析

目录

蓖麻bZIP基因家族的全基因组鉴定、生物信息学及表达分析（1）．．4

内容简述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.2文献综述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5

1.3研究目标与内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

2.1实验材料．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8

2.1.1植物样本．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9

2.1.2测序仪器与试剂．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10

2.2实验方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

2.2.1基因组DNA提取．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12

2.2.2基因组测序技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13

2.2.3生物信息学分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14

2.2.4表达分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16

蓖麻bZIP基因家族的全基因组鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17

3.1蓖麻基因组概况．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18

3.2蓖麻bZIP基因家族结构分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19

3.3蓖麻bZIP基因家族的全基因组鉴定结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20

bZIP基因家族的功能注释与分类．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22

4.1功能注释方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23

4.2家族成员的分类与注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24

4.3家族成员的功能预测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25

生物信息学分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27

5.1家族成员的进化树构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28

5.2家族成员的同源性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29

5.3家族成员的互作网络分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30

5.4家族成员的转录调控网络分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31

表达分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33

6.1家族成员在不同组织的表达模式分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33

6.2家族成员在不同发育阶段表达模式分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34

6.3家族成员在环境胁迫下的表达响应分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36

蓖麻bZIP基因家族的全基因组鉴定、生物信息学及表达分析（2）．37

内容概要．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37

1.1研究背景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37

1.2研究目的．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38

1.3研究方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38

蓖麻bZIP基因家族的全基因组鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40

2.1数据来源．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41

2.2鉴定方法．．．．．．．．．．．