菊属PIN基因家族鉴定与生物信息学解析.docx
菊属PIN基因家族鉴定与生物信息学解析
目录
菊属PIN基因家族鉴定与生物信息学解析（1）．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
一、内容概览．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
（一）菊属植物的生物学研究进展．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
（二）PIN基因家族的生理作用及其重要性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6
（三）生物信息学在基因家族研究中的应用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6
二、菊属PIN基因家族的鉴定与克隆．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8
（一）菊属基因组的测序与组装．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9
（二）PIN基因家族的序列检索与筛选．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10
（三）PIN基因的克隆与序列分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11
三、菊属PIN基因家族的序列特征分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12
（一）菊属PIN基因家族的基本序列特征．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14
（二）菊属PIN基因家族的变异与多态性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15
（三）菊属PIN基因家族的进化关系分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16
四、菊属PIN基因家族的表达模式研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17
（一）不同组织部位中PIN基因的表达模式分析．．．．．．．．．．．．．．．．．19
（二）不同生长环境下PIN基因的表达变化研究．．．．．．．．．．．．．．．．．21
（三）菊属PIN基因家族的表达调控机制探讨．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21
五、生物信息学解析菊属PIN基因家族的结构与功能关系．．．．．．．．．23
（一）基于生物信息学的基因结构分析技术与方法概述．．．．．．．．．．24
（二）菊属PIN基因家族的结构特点解析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25
（三）结构与功能关系的初步推测与验证实验设计．．．．．．．．．．．．．．26
六、菊属PIN基因家族的遗传改良与应用前景展望．．．．．．．．．．．．．．．28
菊属PIN基因家族鉴定与生物信息学解析（2）．．．．．．．．．．．．．．．．．．29
一、内容简述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29
1.1菊属植物的重要性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29
1.2PIN基因家族研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30
1.3研究目的与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32
二、菊属PIN基因家族的鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33
2.1菊属基因组数据库的建立．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34
2.2PIN基因家族的初步筛选．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35
2.3菊属PIN基因的序列分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38
2.4菊属PIN基因家族的成员分类．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40
三、生物信息学解析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40
3.1数据处理与整理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42
3.2生物信息学软件与工具的选择．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43
3.3菊属PIN基因表达谱分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．45
3.4菊属PIN基因家族进化分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．47
四、菊属PIN基因家族的生物信息学解析结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．48
4.1菊属PIN基因家族的基因结构特点．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．49
4.2菊属PIN基因的表达模式与功能预测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．50
4.3菊属PIN基因家族的进化关系分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．51
五、菊属PIN基因家族的利用与展望．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．52
5.1在育种