牛蒡4CL基因家族的克隆鉴定与生物信息学研究.docx
牛蒡4CL基因家族的克隆鉴定与生物信息学研究
目录
牛蒡4CL基因家族的克隆鉴定与生物信息学研究（1）．．．．．．．．．．．．．3
一、内容综述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
介绍牛蒡4CL基因家族的背景和重要性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
研究目的和意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5
文献综述和研究现状分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7
二、牛蒡4CL基因家族的系统发育分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9
基因家族在植物界的地位和作用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10
牛蒡4CL基因家族与其他相关基因家族的比较．．．．．．．．．．．．．．．．12
基因家族进化树构建方法和结果分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13
三、牛蒡4CL基因家族的序列特征分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14
基因结构和编码区特性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15
基因间距离和保守区域分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16
序列比对和相似性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17
四、牛蒡4CL基因家族的表达模式分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19
不同组织类型中的表达情况．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20
发育阶段中的表达变化．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23
基因家族成员之间的相互调控机制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24
五、牛蒡4CL基因家族的功能预测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25
结合蛋白质功能预测软件．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27
蛋白质结构预测方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28
基于实验验证的生物学功能推测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29
六、牛蒡4CL基因家族的生物信息学研究进展．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32
生物信息学工具和技术的应用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33
功能注释和分类．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35
参与基因网络的研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36
七、结论．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38
牛蒡4CL基因家族的主要发现．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38
存在的问题和未来研究方向．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39
对农业生产和植物遗传改良的启示．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41
牛蒡4CL基因家族的克隆鉴定与生物信息学研究（2）．．．．．．．．．．．．42
一、内容概览．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42
1.1研究背景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42
1.2研究意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．44
二、材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．45
2.1实验材料．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．47
2.2实验方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．48
2.3数据分析工具．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．49
三、牛蒡4CL基因家族的克隆鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．50
3.1基因克隆．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．51
3.2基因序列分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．52
3.3基因结构与功能预测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．