马铃薯RBL基因家族全基因组鉴定及表达分析.docx
马铃薯RBL基因家族全基因组鉴定及表达分析
目录
马铃薯RBL基因家族全基因组鉴定及表达分析（1）．．．．．．．．．．．．．．．3
内容综述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
1.1研究背景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
1.2研究意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5
1.3国内外研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6
材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7
2.1马铃薯基因组数据库的获取．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8
2.2RBL基因家族的鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9
马铃薯RBL基因家族鉴定结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9
3.1RBL基因家族成员列表．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10
3.2RBL基因家族成员的分类．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11
3.3RBL基因家族成员的基因结构分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11
马铃薯RBL基因家族进化分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12
4.1同源基因聚类分析结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13
4.2基因结构分析结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14
马铃薯RBL基因家族表达分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14
5.1不同组织中RBL基因的表达模式．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15
5.2不同发育阶段RBL基因的表达模式．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16
5.3不同环境条件下RBL基因的表达模式．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17
马铃薯RBL基因家族功能推测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18
6.1基于序列同源性的功能推测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18
6.2基于表达模式的生物功能推测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19
马铃薯RBL基因家族全基因组鉴定及表达分析（2）．．．．．．．．．．．．．．20
一、内容描述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20
研究背景及意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21
研究目的与任务．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21
文献综述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22
二、材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24
研究材料．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25
实验方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25
（1）全基因组鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26
（2）表达分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27
三、马铃薯RBL基因家族全基因组鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29
数据获取与处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29
基因家族鉴定与分类．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30
基因结构与特征分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31
染色体定位及进化分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31
四、马铃薯RBL基因家族表达分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32
不同组织器官中的表达模式．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32
不同发育阶段的表达变化．．