研究生第五章核酸序列预测.ppt

第五章 利用核酸序列的预测方法 基因结构 利用核酸序列的预测方法 神经网络系统 密码子偏好 人与大肠杆菌编码相同蛋白的差别 编码测度常用的方法 第二节 遮蔽重复序列 以HUMCKMM1为例运行CENSOR得到的输出结果 第三节 DNA翻译 ?第四节 数据库搜索 第五节?探测DNA中的功能性位点 终止信号 第六节 复合基因分析程序 GENSCAN AAS 第七节 搜寻tRNA基因 微卫星序列数据库 常用启动子分析网址 http://bip.weizmann.ac.il/toolbox/seq_analysis/promoters.html#databases/seq_tools/promoter.html.sg/promoter/CGrich1_0/CGRICH.htm/pub/programs.html#pmatch.hk/~b400559/arraysoft_pathway.html#Promoterhttp://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalup.htmlhttp://intra.psb.ugent.be:8080/PlantCARE/http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter//molbio/proscan//molbio/signal/ Coding cDNA and protein for each coding region: cDNA bases 3016 to 6792 AAACTAAGCGTTGTGGATCAAGAAAAAGTTGACAAATTTATGATTGAGCTAGATGGGACC GAGAATAAGTCCAAGTTTGGGGCCAATGCCATCCTGGGCGTGTCCTTGGCCGTGTGTAAG GCGGGAGCAGCTGAGAAGGGGGTCCCCCTGTACCGCCACATCGCAGATCTCGCTGGGAAC … … … … … … … … … … … … … protein KLSVVDQEKVDKFMIELDGTENKSKFGANAILGVSLAVCKAGAAEKGVPLYRHIADLAGN PDLILPVPAFNVINGGSHAGNKLAMQEFMILPVGASSFKEAMRIGAEVYHHLKGVIKAKY GKDATNVGDEGGFAPNILENNEALELLKTAIQAAGYPDKVVIGMDVAASEFYRNGKYDLD FKSPDDPARHITGEKLGELYKSFIKNYPVVSIEDPFDQDDWATWTSFLSGVNIQIVGDDL TVTNPKRIAQAVEKKACNCLLLKVNQIGSVTESIQACKLAQSNGWGVMVSHRSGETEDTF IADLVVGLCTGQIKTGAPCRSERLAKYNQLMRIEEALGDKAIFAGRKFRNPKAK 输出结果分为三部分： 1、外显子的类型及其所在位置、外显子长度、给位和受位、外显子可能性打分、外显子分数。 2、所预测出的cDNA片段序列。 3、所预测出的编码蛋白肽段，共354个氨基酸残基片段。 比较以上三种程序对人类磷酸丙酮酸水合酶基因序列（X56832）的预测结果，我们发现预测结果略有差异，NCBI上的有关X56832的描述是： 外显子位点：868-973，1577-1663，2540-2635，2796-2854，3016-3085，3455-3588，4820-5042，5153-5350，5688-5889，6318-6426，6576-6634，6723-6872； PolyA位点：6872， PolyA信号 6853-6858，编码蛋白氨基酸残基数为392个，序列如下： MAMQKIFAREILDSRGNPTVEVDLHTAKGRFRAAVPSGASTGIYEALELRDGDKGRYLGKGVLKAVENINNTLGPALLQKKLSVVDQEKVDKFMIELDGTENKSKFGANAILGVSLAVCKAGAAEKGVPLYRHIADLAGNPDLILPVPAFNVINGGSHAGNKLAMQEFMILPVGASSFKEAMRIGAEVYHHLKGVIKAKYGKDATNVGDEGGFAPNILENNEALELLKTAIQAAGYPDKVVIGMDVAASEFYRNGKYDLDFKSPDDPARHITGEKLGELYKSFIKNYPVVSIEDPFDQDDWATWTSFLSGVNIQIVGDDLTVTNPKRIAQAVEKKACNCLLLKVNQIGSVTESIQACKLAQSNGWGVMVSHRSGETEDTFIADLVVGLCTGQ KLSVVDQEK