微生物的进化系统发育分类.ppt

DNA-DNA 双链DNA热处理变性解链----变性后冷处理---复性---不同株的或同源性的DNA杂交组成双链 DNA-RNA 当非配对碱基超过10-20% DNA-DNA之间就不能形成双链，限制了DNA-DNA杂交的应用水平，若比较亲缘关系较远的菌株，就用DNA-RNA， DNA-DNA杂交率很低时， DNA-RNA仍有较高的杂交率，可比较属与属之间的或较远的 核酸探针：指能识别特异核苷酸序列的、带标记的一段单链DNA或RNA分子，即是能与特定的核苷酸序列（靶序列） 结合，而不与其他序列结合的带标记的单个核苷酸片段。 系统发育树探针 全rRNA探针 科属的特异性探针 第三十一页，共五十二页，2022年，8月28日 染色体的原位杂交 染色体的原位杂交 荧光探针杂交 第三十二页，共五十二页，2022年，8月28日 第三十三页，共五十二页，2022年，8月28日 遗传重组 原核生物中，虽然没有有性生殖，但它们可以通过转化、转导和接合作用进行染色体基因的交换 发生接合、转化和普遍性转导的细菌之间需要存在广泛的染色体同源性，否则此类重组(同源重组)即不能发生 质粒及转座子的基因转移在细菌分类中的意义也是值得注意的 基因的垂直转移 和水平转移 第三十四页，共五十二页，2022年，8月28日 第四节　微生物的快速鉴定和自动化分析技术 一、微量多项试验鉴定系统 原理：根据微生物生理生化特征鉴定的结果，而进行的数码分类鉴定 国外的产品已标准化、系统化和商品化，主要有法国生物-梅里埃集团的API/ATB；瑞士罗氏公司的Micro-ID，Enterotube,Minitek；美国的Biolog全自动和手动细菌鉴定系统 优点：快速、敏感、准确、重复性好，简易，节省人力、物力、时间和空间 广泛应用于动植物检疫、临床检验、食品卫生、药品检验、环境监测、发酵控制和生态研究。 第三十五页，共五十二页，2022年，8月28日 “API”细菌数值鉴定系统 API由bioMerieux（生物-梅里埃公司，法国）依据20,000多株标准菌株,大约1000种不同细菌生化试验于1970年开始开发的系列产品。 它的出现是对细菌学领域传统技术的一次标准化、微量化的彻底变革。它使细菌鉴定更加简单、快速和可靠，已被微生物学家的广泛使用,并成为全球的鉴定细菌的参考标准。 API创建了独特的数值鉴定法，并设计了相应的计算机软件APILAB plus。它较API鉴定检索书更为高效、可靠、全面、详尽、方便, 故APILAB Plus能够鉴定很多非典型菌。该软件做为一种判断结果的工具,只要键入生化反应结果的数值编码,就可立刻获得鉴定报告结果。 第三十六页，共五十二页，2022年，8月28日 API 10 S???? 最常见革兰氏阴性杆菌API NH?????? 奈瑟民菌、嗜血杆菌属API 20 STREP 链球菌及有关菌API CAMPY??? 弯曲杆菌API CORYNE?? 棒状菌群MI LISTERIA? 李斯特菌属API 20E????? 革兰氏阴性杆菌(肠杆菌科)API 2ONE????? 菲肠道革兰民阴性杆菌API 2OA?????? 厌氧菌API 20C AUX?? 酵由菌API STAPH??? 葡萄球菌和微琼菌…… API已包括15个鉴定系列,700多个细菌种： 第三十七页，共五十二页，2022年，8月28日 API20E反应判定表 第三十八页，共五十二页，2022年，8月28日 API 20E鉴定卡示意图 第三十九页，共五十二页，2022年，8月28日 操 作 简 便 每管接种0.1ml 浓度适中的细菌，24~48h保温，即可观察 结果。结合一些补充指标，再按规定进行编码、检索 第四十页，共五十二页，2022年，8月28日 关于微生物的进化系统发育分类 第一页，共五十二页，2022年，8月28日 第一节　进化的测量指征 高等动植物判断亲缘关系：形态结构、生理生化、行为习性等表型特征，少量的化石资料 微生物：形体微小、结构简单、缺少有性繁殖过程，依靠表型特征无法测量其系统发育 进化指征的选择: 微生物的系统发育，主要是分析和比较生物大分子的结构特征，特别是蛋白质、RNA和DNA这些反映生物基因组特征的分子序列，作为判断各类微生物乃至所有生物进化关系的主要指征 蛋白质、RNA和DNA序列进化变化的显著特点是进化速率相对恒定 第二页，共五十二页，2022年，8月28日 合适的指征大分子 1、必须普遍存在于所研究的各个生物类群中 2、在各种生物中功能同源的大分子 3、为了鉴定大分子序列的同源位置或同源区，要求所选择的分子序列必须能严格线性排列，以便进行进一步的分析比较 4、根据所比较的各类生物之间的进化距