生物信息学4-多序列比对.pdf

生物信息学

Bioinformatics

王鹏

生物信息学4-多序列比对

上节回顾

•了解生物信息检索系统Entrez及SRS；

•掌握相似性与同源性的定义及区别；

•BLAST的定义。

3序列比对

3.1序列比对基础

3.2打分矩阵

3.3Clustal基本知识

3.4Clustal的应用

3.1序列比对基础

序列比对的概念

•序列比对（Alignment）：通过比较生物分

子序列，发现它们的相似性，找出序列之间共

同的区域，同时辨别序列之间的差异。

3.1序列比对基础

序列比对的概念——两两比对

•序列的两两比对Indel

（PairwiseSequence{

Alignment）：就是对两条InsertionDeletion

序列进行编辑操作，通过

FDSK-THRGHR

字符匹配和替换，或者插

:.::::::

入和删除字符，使得两条FESYWTH-GHR

序列达到一样的长度，并

使两条序列中相同的字符Match(:)Mismatch（.）

尽可能地一一对应。(substitution)

3.1序列比对基础

序列比对的概念——两两比对

FSEYTTHRGHRFESYTTHRGHR

::::::::::::::::::

FESYTTHRPHRFESYTTHRPHR

两个序列间保持顺序(或拓扑结构)的元素对

应关系。

3.1序列比对基础

序列比对的概念——两两比对

InsertionMatch

TTTGTGTGCATTTAAGGGTGATAGTGTATTTGCTCTTTAAGA

||||||||||||||||||||||||

TTGACAGGTACCCAACTGTGTGTGCTGATGTA.TTGCTGGCCAAGG

AGTGTTTGAGCCTCTGTTTGTGTGTAATTGAGTGTGCATGTGTGGG

|||||||||||||||||||

AAGGATCTCAGTAATTAATCATGCACCTATGTG

DeletionMismatch

(substitution)

3.1序列比对基础

序列比对的意义

序列比对是生物信息学中最基本、最重要的

操作，通过序列比较可以发现生物序列中的结

构、功能和进化的信息。

•通过比较未知序列与已知序列（尤其是功

能和结构已知的序列）之间的相似性，预测