生物信息学序列分析.ppt
*;2.SequenceAnalysis;Identity/Similarity
Homology
空位罚分
打分矩阵:PAM/Blosum
多序列比对;分子量/等电点(BioXM)
酶切位点分析(载体构建)(BioXM)
启动子序列分析(BLAST/Matinspector)
Motif的寻找与序列的模式识别(Scanmotif/SMART)
亚细胞定位(ProComp)
Others(BioXM);BioXM的功能介绍;BioXM的功能介绍;;Motif预测：
什么是Motif?为什么要预测它？
Motif〔基序〕，即氨基酸序列中的一些作用位点，比方酶的活性位点，修饰位点等．
在论文中常常对新蛋白进行此类分析，推测其可能的被修饰方式，或者具有什么活性．对我们进一步了解它的功能具有指导意义．
事实上，motif预测依赖于庞大的数据库支持系统．
说明：Prosite数据库中的motif都是功能或特性的．;:///;;MotifScan:;;功能域(domain)预测：
什么是domain?为什么要预测它？
Domain,即氨基酸序列中的一些发挥功能的位点，如酶的活性位点，一些特殊的结构．对分析该蛋白是什么蛋白具有重要的价值．
Domain预测不依赖于庞大的数据库，关键是结构的共性．不会预测出motif预测的那些修饰位点．
说明：domain搜索的数据不都是功能或特性的．
现在已经逐步整合了…;/;亚细胞定位：
判断该蛋白可能在细胞内的位置：细胞核？细胞质？质体？线粒体？质膜？内质网？溶酶体？细胞外间隙……
目的：该蛋白功能描述的重要依据．往往在进行实验验证之前进行初步分析，为实验方案提供依据．;;Softberry的缺乏：不能给出信号肽的〔裂解〕位置和核定位信号等序列的特征．
因此：我们还采用SignalP和PredictNLS等程序进行预测．;:///;;查找核定位信号：NLS;PromoterAnalysis
启动子序列分析:
什么是启动子?
首先要得到启动子序列:了解哪个位点是TSS,哪个是起始ATG?;分析的目的:
2)启动子序列分析:
a.可以初步判断基因的表达是否有特异性,是否与某个功能相关,为下一步的实验提供依据;
b.为你当前的实验结果进行解释(或讨论).
比方,你发现6PGDH基因的启动子区存在W-box,推测其可能受WRKY转录因子的控制,参与植物的生物胁迫应答,所以你打算做病原菌诱导的实验;
或者,你首先实验证实了6PGDH基因受病原菌的诱导,进而你在启???子区域发现了这样的cis-element(如W-box),那么推测6PGDH基因受诱导可能通过WRKY因子控制,同时也验证了你的实验结果.
;分析的目的:
2)启动子序列分析:
所以首先,我们必须得到启动子序列,一般在TSS之前2000bp内〔也可以选择起始密码子之前2000bp左右〕
如何通过生物信息学方法确定TSS?
1)软件预测,如Softberry;
2)搜索EST数据库;
3)是否能找到全长cDNA序列.
4)如果实在无法判断TSS,那么将ATG之前2000bp序列进行预测.
当然也可以配合实验!确定可能的TSS之后,通过RT-PCR进行验证.;分析的目的:
2)启动子序列分析:
如何通过生物信息学方法确定TSS?以AF486280为例.
首先要找到包含AF486280的基因组序列.;
2)启动子序列分析:
如何通过生物信息学方法确定TSS?以AF486280为例.
首先要找到包含AF486280的基因组序列.;分析的目的:
2)启动子序列分析:
如何通过生物信息学方法确定TSS?以AF486280为例.
选择了大概13kb的包含AF486280的序列;
2)启动子序列分析:
如何通过生物信息学方法确定TSS?以AF486280为例.
选择了大概13kb的包含AF486280的序列;
2)启动子序列分析:
如何通过生物信息学方法确定TSS?以AF486280为例.
选择了大概13kb的包含AF486280的序列;
2)启动子序列分析:
如何通过生物信息学方法确定TSS?以AF486280为例.
选择了大概13kb的包含AF486280的序列;
2)启动子序列分析:
如何通过生物信息学方法确定TSS?以AF486280为例.
选择了大概13kb的包含AF486280的序列;
2)启动子序列分析:
如何通过生物信息学方法确定TSS?以AF486280为例.;
2)启动子序列分析:
如何通过生物信息学方法确定TSS?以AF486280为例.;
2)启