乙型肝炎病毒核酸与同义密码子的遗传特点分析.pdf

学术论坛 乙型肝炎病毒核酸与同义密码子的遗传特点分析 甘肃农业大学动物医学学院    袁  昊 兰州市城关区农业水务局    张  勇 摘  要：乙型肝炎病毒是一种严重威胁公共健康的病毒性传染病。本文分析了乙型肝炎病毒基因组中开放阅读框中所有编码阅读框序列的遗传特征， 于此同时我们还分析了病毒同义密码子使用模式与不同模式生物密码子使用模式的差异性。结果发现，乙型肝炎病毒基因对同义密码子使用的频率是不均一 的，其中TCC，TCT，AGT，AGA是过量使用的，而ACC，CGG，GCC，ATA，CGT，CCC，TCG和GGT的使用频率极低。通过分析病毒与不同模式生 物的密码子使用模式的差别，发现病毒自身的核苷酸变异和宿主对其自然选择的遗传压力是乙型肝炎病毒在遗传进化方面达到了一个相对平衡的局面。 关键词：乙型肝炎病毒；基因组；同义密码子；进化 The genetic features of nucleotide composition and  synonymous codon usage of hepatitis B virus College of Veterinary Medicine, Gansu Agricultural University    Yuan Hao Chengguan District of Lanzhou city agriculture bureau of water resources    Zhang Yong Abstract: Hepatitis B virus （HBV） is the causative agent of an important disease for human beings． The synonymous codon usage pattern of open reading frame of  HBV was analyzed by the relative synonymous codon usage value based on the principle component analysis, viral synonymous codon usage distribution compared with those  of the five organisms （E． coli, mouse, human, gorilla gorilla and pan troglodytes）, and their overall codon usage bias was estimated by the codon adaptation index． The  genetic diversity of 58 strains of HBV indicates that the compositional constraint deriving from nucleotide composition plays an important role in shaping the synonymous  codon usage pattern of HBV． It is interesting that the four codons （TCC, TCT and AGT for Ser and AGA for Arg） of HBV are over-represented usage and the eight  codons （ACC for Thr, CGG for Arg, GCC for Ala, ATA for Ile, CGT for Arg, CCC for Pro, TCG for Ser and GGT for Gly） are under-represented usage, and these  codons usage under the strong transl