草菇密码子偏好性分析.pdf

1424 生 物 工 程 学 报 蒋玮 等/草菇密码子偏好性分析 Chinese Journal of Biotechnology /cjbcn September 25, 2014, 30(9): 1424−1435 DOI: 10.13345/j.cjb.130623 ©2014 Chin J Biotech, All rights reserved 农业生物技术 草菇密码子偏好性分析 1,2 2 1,2 1,2 1,2 1,2 3 3 蒋玮 ，吕贝贝 ，何建华 ，王金斌 ，吴潇 ，武国干 ，鲍大鹏 ，陈明杰 ， 3 3 1,2 张劲松 ，谭琦 ，唐雪明 1 上海市农业科学院生物技术研究所，上海 201106 2 上海市农业遗传育种重点实验室，上海 201106 3 国家食用菌工程技术研究中心，上海 201106 蒋玮, 吕贝贝, 何建华, 等. 草菇密码子偏好性分析. 生物工程学报, 2014, 30(9): 1424−1435. Jiang W, Lü BB, He JH, et al. Codon usage bias in the straw mushroom Volvariella volvacea. Chin J Biotech, 2014, 30(9): 1424−1435. 摘 要: 以草菇全基因组编码序列为研究对象，利用软件 CodonW1.4.2 分析草菇基因组密码子使用模式，确 定了草菇的24 个最优密码子。利用Create a condon usage table (CUSP)程序分析计算草菇密码子使用频率，并 将它与人、酵母、拟南芥、小鼠、斑马鱼、果蝇6 个代表性物种及灰盖鬼伞、双孢蘑菇、香菇、平菇4 个食用 菌进行比较。结果显示草菇密码子偏好性与人、酵母、拟南芥、小鼠、斑马鱼、果蝇和平菇都有较大的差异， 与灰盖鬼伞、双孢蘑菇、香菇的密码子偏好性差异较小。利用软件SPSS16.0 聚类分析表明密码子偏好性差异 大小在一定程度上反映物种间的进化关系，可作为研究物种进化关系的参考。首次以食用菌全基因组为分析对 象，解析草菇的密码子偏好性，并将其与其他生物进行比较，这些将为不同来源的外源基因在草菇中的异源表 达提供重要参考。 关键词: 草菇全基因组，最优密码子，密码子偏好性 Received: December 9, 2013; Accepted: February 28, 2014 Supported by: The Shanghai Academy of Agricultural Sciences (No. 2013(23)), the China Postdoctoral Science Foundation Grant (No. 2013M531197), Shanghai Postdoctoral Sustentation Fund Grant (No. 13, the Key Project of Developing Agriculture through Science and Technology of Shanghai Municipal Agricultural Commission (No. (2011) 1-2). Corresponding author: Xueming Tang. Tel/Fax: +86-21 E-mail: xueming70@ 上海农业科学院青年基金 (No. 2013(23)) ，国家博士后基金 (No. 20