独蒜兰属基因序列与密码子偏好性研究.docx
独蒜兰属基因序列与密码子偏好性研究
目录
独蒜兰属基因序列与密码子偏好性研究（1）．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
内容综述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
1.1研究背景及意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
1.2独蒜兰属概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6
1.3研究目的与任务．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7
研究方法与实验设计．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8
2.1样本选取与采集．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10
2.2基因组DNA提取与纯化．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10
2.3基因序列测定与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12
2.4密码子偏好性分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15
独蒜兰属基因序列分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16
3.1序列特征分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17
3.2进化关系探讨．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19
3.3基因表达谱分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20
密码子偏好性研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21
4.1密码子使用频率统计．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23
4.2同义密码子使用偏好分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24
4.3密码子上下文关联性探究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25
密码子偏好性的分子机制与影响因素分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26
5.1密码子偏好性的分子机制探讨．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27
5.2影响密码子选择的环境因素研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29
5.3基因表达水平与密码子偏好性的关系．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34
独蒜兰属基因编辑与遗传改良展望．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35
6.1基因编辑技术及其应用前景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36
6.2遗传改良策略与方法探讨．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37
6.3独蒜兰属基因资源保护与利用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38
独蒜兰属基因序列与密码子偏好性研究（2）．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40
一、独蒜兰属基因序列概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40
独蒜兰属简介及生物学特征．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42
基因序列研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43
研究现状及进展概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．44
二、基因序列研究方法与流程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．45
样本采集与预处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．46
基因组DNA提取及质量检测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．51
序列扩增与测序技术选择．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．52
三、独蒜兰属密码子偏好性研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．53
密码子偏好性概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．54
研究目的与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．55
密码子偏好性分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．56
独蒜兰属密码子偏好性研究结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．57
四、基因序列与密码子偏