蛋白相互作用研究技术分子生物学幻灯片.ppt

【作者】Shiwei Sun, et al.【网址】/PIN/【介绍】a bioinformatics software package to visualize the proteins interaction and function annotations. The software allows the user to search for information on putative protein interactions and function classes identified by our algorithm or reported in the literature. Yeast protein interaction datasets are included in the software package-PIN(for win9x/2000):【数据】Datasets:Quasi-clique datasets:downloadQuasi-bipartite datasets:download 蛋白质互作网络分析软件 【网址】http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek 【介绍】Program for Large Network Analysis专业的大型网络分析软件，它不仅仅可以分析蛋白质相互作用网络，还可分析各种pathway，代谢网络，数据需符合其格式。【优势】程序中内含多种高级分析方法(算法)，如cluster,vector,hierarchy等【缺点】不是专门为生物、医学研究设计的，所以对数据库支持很差【下载】http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek/pajek 91.exe 蛋白质互作网络分析软件 【作者】B.-H. Ju, B. Park, J. H. Park, and K. Han【网址】http://wilab.inha.ac.kr/protein/【介绍】运行速度快，界面良好，支持数据库查询，支持多种数据格式！- Support dividing a graph by the distance from a current node- Support coloring a graph- Implement a new layout algorithm- Support find subset (find subset of graph by template)- Support union graph (by index or label)【下载】http://wilab.inha.ac.kr/protein/download/dat/Setup_3.0.exe 蛋白质互作网络分析软件 【作者】Dr. Carolyn McCreary Larry Barowski, Jon Fouss, Shawn Stutzman【网址】/department/cse/research/graph_drawing/vgj.html/department/cse/research/graph_drawing/graph_drawing.html【介绍】此软件包是个专业设计软件，界面良好，支持多种数据格式。用来设计相互作用网络，还可以画进化树等。 【下载】/pub/larrybar/VGJ.zip/pub/larrybar/VGJ.tar 蛋白质互作网络分析软件 CFinder http://angel.elte.hu/clustering EMBL的在线工具string Graphviz distribution /sw/tools/graphviz/ PIVOThttp://www.cs.tau.ac.il/~rshamir/pivot/homeFrame.htm ProVizhttp://www.ebi.ac.uk/intact/doc/html/proviz/proviz.html PIMRider /pimrider/pimriderlobby/PimRiderLobby.jsp 蛋白质互作网络分析软件 蛋白互作网络图的作用 鉴定新蛋白。Noirot-Gros 等构建了由69个蛋白，91个特异相互作用组成的枯草杆菌B. subtilis复制机器的蛋白相互作用网络，从相互作用的上下文关系中鉴定了一个在oriC的起始中起调控作用的新调控蛋白YabA 。Djamel 等用亲和纯化-质谱鉴定相结合的技术对大肠杆菌磷脂生物合成途径的蛋白相互作用网络进行了研究，并鉴定了几个参与该途径的新蛋