大肠杆菌H001株和大肠杆菌V001株的基因组测序与分析的中期报告.docx

大肠杆菌H001株和大肠杆菌V001株的基因组测序与分析的中期报告 目前对于大肠杆菌H001株和大肠杆菌V001株的基因组测序已经完成了一部分，并已经开始数据分析。以下是中期报告： 1. 样品信息 大肠杆菌H001株和大肠杆菌V001株分别来源于不同的临床样品。样品经过分离纯化并鉴定后，进行了基因组DNA的提取和纯化。DNA质量良好，符合测序要求。 2. 测序数量 对于H001和V001两株大肠杆菌，分别采用Illumina Hiseq平台进行了双端150bp测序。测序数据量分别为20G和18G，覆盖深度约为100X。 3. 数据分析 通过质控和去除低质量数据，得到了高质量的测序数据。针对两个菌株的测序数据，我们采用了以下的数据分析流程： - 核苷酸序列质量控制和去除接头序列 - 核苷酸序列比对到参考基因组上 - SNV/InDel检测和注释 - 基因预测和注释 - 基因结构预测和注释 - GO和KEGG富集分析 到目前为止，我们已经完成了前三个步骤的数据分析，得到了两个菌株的基本特征，例如单核苷酸变异（SNV）和插入/缺失（InDel）等。同时，我们也对比了两个菌株的基因组序列，研究它们之间的差异。对于后三个步骤的数据分析，我们的工作正在进行中。 4. 结论 通过基因组测序和分析，我们能够更全面地了解大肠杆菌H001株和大肠杆菌V001株的遗传特征和差异，为研究它们的生物学特性和对人类的危害提供了基础数据。