第四章核酸序列-1讲课.ppt

主要内容 §4.1 引言 §4.2 序列的一般分析 §4.3 基因预测与鉴定 §4.4 非编码区分析与调控元件识别 许多程序对DNA序列一次进行全部6个阅读框的翻译。 程序之一：EBI著名软件包EMBOSS中的Transeq http://www.ebi.ac.uk/emboss/transeq/ 特点： 1）输入序列可以是原始序列，也可以是GCG，Fasta，EMBL，GenBank，PIR等格式。 2）可一次翻译成1条，同向3条，双向6条蛋白质序列。 3）翻译时可选择标准密码子或其他类型的密码子 Transeq主页 翻译结果（6框架） 程序之二： ExPASy的Translate Tool /tools/dna.html 特点： 1）程序简单，没有太多的可选项，运行速度快。 2）一次翻译双向6条蛋白质序列。 3）输出结果较Transeq清楚，不仅将终止密码子用Stop英文单词表示，还将起始密码子以MET标记出来 Translate Tool主页 Translate Tool翻译结果 程序之三： NCBI的ORF finder /gorf/gorf.html 特点： 1）输入序列只能是Fasta格式。 2）输出结果以图形化表示，并将核酸序列与氨基酸序列同时排列出来。 3）可将结果直接用Blast进行序列数据库搜索比对。 ORF Finder主页 ORF Finder 翻译结果 No response 四、序列的限制性酶切分析 酶切条件的分析是根据限制性内切酶能识别DNA分子中的特定序列并在某一碱基处切开序列。而用几种不同的内切酶可切割某特定基因，以便于进一步实验（如基因的克隆，表达重组体的构建等）。 与PCR一样，酶切实验是目前分子生物学实验室最常用的实验方法之一，因此，酶切图谱分析程序也成为了最常用的分子生物学软件之一。 限制性内切酶数据库： REBASE（Restriction Enzyme Database），由新英格兰生物实验室管理维护。 /rebase/rebase.html 5’AAGCTT3’ 3’TTCGAA5’ HindIII切割位点 Ehel切割位点 5’GGCGCC3’ 3’CCGCGG5’ 粘性末端 平末端 限制性内切酶数据库REBASE查询 限制性内切酶分析软件： NEBcutter 该程序是与REBASE整合在一起的免费限制性内切酶分析软件 特点 1）既可对我们自已的序列进行分析，也可对GenBank中的序列进行分析。 2）分析长度不能超过300kbase。 3)限制性内切酶种类最齐全，提供NEB数据库中的内切酶和商业内切酶的酶切结果。 4）结果图形化显示，具有非常友好的交互性。 REBASE 主页 REBASE工具选项 NEBcutter工具 NEBcutter工具主页 结果可保存2天 线性表示的酶切结果 环形表示的酶切结果 五、载体绘制 不论是在分子生物学实验还是撰写论文中，载体绘制是一项经常遇到的工作。 载体（vector）是指运载外源DNA有效进入受体细胞内的工具。 作为载体应满足以下几方面的要求： (1)有某种限制酶的一个切点，最好是有许多种限制酶的切点，而且每种酶的切点只有一个； (2)外源DNA插入后不影响载体在受体细胞中进行自我复制，载体对受体细胞无害，能接纳尽可能长的外源DNA片段； (3)具有利于选择的标记基因，可以很方便地知道外源DNA已经插入，以及把接受了载体的受体细胞选出； (4)具有促进外源DNA表达的调控区。 载体分类 按生物属性分：非病毒类和病毒类 按功能分：克隆载体和表达载体 按进入细胞类型分：原核载体、真核载体和 穿梭载体（shuttle vector） 各种基于本地机和Web在线设计的载体作图软件都比较多。 基于PC本地机的软件：pDRAW32,Winplas，Sim Vector等。 基于Web 在线设计的软件：Savvy（Scalable Vector Graphics Plasmid Map） /savvy/ 本地机安装软件Winplas2.7 本程序无须安装，直接打开使用。 载体元件分三类：ARC、 Marker、 Text 七、引物设计 在基因克隆、核酸分子杂交、DNA序列测定和PCR等实验中，都需要使用寡核苷酸作为探针或引物。而实验的成败与探针或引物的设计密切相关。 * 第四章 DNA序列分析 1 如何查询下列文献：Wan, Y. and Lemaux, P.G.. Generation of large numbers of independently transformed fertile barley plants. Plant Physiol.