凤梨薄荷SDR基因家族全基因组鉴定与功能解析.docx

凤梨薄荷SDR基因家族全基因组鉴定与功能解析

目录

凤梨薄荷SDR基因家族全基因组鉴定与功能解析（1）．．．．．．．．．．．．．4

内容概括．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.1研究背景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.2研究目的与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5

1.3研究方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

2.1样本来源．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

2.2基因组测序与组装．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

2.3凤梨薄荷SDR基因家族的鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9

2.3.1数据预处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9

2.3.2同源基因搜索．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10

2.3.3基因家族成员聚类．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

2.3.4基因家族特征分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12

2.4基因功能预测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13

2.4.1生物信息学分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14

2.4.2结构域分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15

2.4.3功能注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15

结果与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16

3.1凤梨薄荷SDR基因家族的鉴定结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17

3.1.1基因家族成员数量与分布．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17

3.1.2基因结构特征．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18

3.1.3基因表达模式．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19

3.2凤梨薄荷SDR基因家族的功能分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20

3.2.1基因功能分类．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21

3.2.2功能富集分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21

3.2.3功能验证实验．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22

3.3凤梨薄荷SDR基因家族与其他物种SDR基因的比较分析．．．．．．．．23

3.3.1同源性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25

3.3.2聚类分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25

3.3.3进化分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26

讨论与展望．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27

4.1凤梨薄荷SDR基因家族的功能与调控机制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27

4.2SDR基因在凤梨薄荷抗逆性研究中的应用前景．．．．．．．．．．．．．．．28

4.3研究局限与未来研究方向．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30

凤梨薄荷SDR基因家族全基因组鉴定与功能解析（2）．．．．．．．．．．．．31

一、内容概览．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31

研究背景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31

研究目的与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．