基于海甘蓝RNA-Seq序列开发EST-SSR分子标记.pdf

(Jiangsu J． of Agr． Sci． ) 江苏农业学报 ，2014 ，30 (5):997 ～ 1002 h ttp :/ /www． jsn y x b． com 997 ， ， ， ． ＲNA-Seq EST-SSＲ ［J］． ，2014 ，30 (5) 戚维聪 程计华 黄邦全 等 基于海甘蓝 序列开发 分子标记 江苏农业学报 :997-1002． doi :10． 3969 /j． issn． 1000-4440． 2014． 05． 012 基于海甘蓝ＲNA- Seq 序列开发EST-SSＲ 分子标记 1，2 2 ，3 4 1 1 维聪 ， 计华 ， 邦全 ， ， 戚 程 黄 李 坦 林 峰 (1． ， 210014 ;2． ， 6708PB ; 江苏省农业科学院农业生物技术研究所 江苏 南京 荷兰瓦赫宁根大学植物育种系 荷兰 瓦赫宁根 3． ， 430074 ;4． ， 430062 ) 中国科学院武汉植物园 湖北 武汉 湖北大学生命科学院 湖北 武汉 : ( ) ＲNA-Seq 186 778 cDNA 摘要 利用油料作物海甘蓝 十字花科 发育时期种子的 测序数据组装获得 条 重叠 (Contigs) ， MISA Primer 3 6 639 EST-SSＲ 。 ， 群 序列 通过 和 程序设计了 个 分子标记 在这些标记中 除了单核苷酸重 (45% ) ， SSＲ (29% )， (10% )、 复 外 三核苷酸重复的 是最常见的碱基重复类型 其次是双核苷酸型 五核苷酸型 (7% )、 (5% ) (2% ) 。 1 206 EST-SSＲ 六核苷酸型 和四核苷酸型 型 采用电子定位的方法将 个 标记定位到近缘种白 (Brassica napa) 。 ， 20 EST-SSＲ