茄子全基因组SNP标记的开发.docx

茄子全基因组SNP标记的开发

目录

茄子全基因组SNP标记的开发（1）．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5

一、内容概括．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5

1.1茄子基因组研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5

1.2SNP标记在茄子研究中的应用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

1.3研究的意义和目的．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8

二、茄子基因组测序及组装．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9

2.1基因组测序技术选择．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10

2.2基因组组装策略．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

2.3茄子基因组组装结果分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12

三、SNP标记的开发与鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13

3.1SNP标记开发流程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14

3.2SNP标记的鉴定方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15

3.3茄子全基因组SNP标记数量及分布．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16

四、SNP标记在茄子遗传育种中的应用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17

4.1遗传多样性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18

4.2遗传图谱构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19

4.3分子标记辅助育种．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20

五、茄子全基因组SNP标记的功能分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22

5.1SNP标记与表型性状的关联分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23

5.2SNP标记的功能注释与分类．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24

5.3关键SNP标记的功能验证．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25

六、数据管理与分析软件工具介绍．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26

6.1数据管理策略．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28

6.2数据管理软件选择与使用介绍．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29

6.3分析软件工具介绍及使用方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30

七、结论与展望．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31

7.1研究成果总结．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32

7.2研究展望与未来发展趋势预测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33

茄子全基因组SNP标记的开发（2）．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34

内容概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34

1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35

1.2研究目的与任务．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36

1.3文献综述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37

1.3.1国内外研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38

1.3.2现有技术与方法分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39

1.3.3存在的问题与挑战．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41

1.4研究内容与范围．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42

材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43

2.1实验材料．．．．．．．．．．