一种绵羊全基因组10K SNP液相芯片及其应用.pdf
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(19)国家知识产权局
(12)发明专利申请
(10)申请公布号CN117721217A
(43)申请公布日2024.03.19
(21)申请号202311765452.4C12Q1/6874(2018.01)
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奶山羊全基因组低密度SNP芯片技术研究探索现代基因组技术如何革新奶山羊育种，提高产奶性能与抗病能力。本研究开发专用低密度SNP芯片，为奶山羊产业提供精准育种工具。作者：
引言基因组技术革命基因组学正彻底改变现代畜牧业，使育种更精准高效。奶山羊育种挑战传统育种方法周期长，准确性受限，难以满足产业需求。SNP芯片重要性作为现代分子育种核心工具，可显著提高选择精度。
研究背景全球奶山羊产业现状奶山羊产业在全球范围内快速发展，尤其在发展中国家。遗传改良需求提高产量、品质和抗病性的需求日益迫切。传统育种局限依赖表型选择，周期长，准确性低，效率不足。
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(22)申请日 2022.03.19
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猪全基因组低密度SNP芯片的设计与效果评估
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猪金基因组低密度SNP芯片的设计与效果评估（1）4
一内容概括4
1.1研究背景5
1.2研究意义5
1.3研究内容与方法6
二材料与方法9
2.1样本来源与选取9
2.2DNA提取与纯化10
2.3引物设计与PCR扩增12
2.4纯化与检测13
2.5数据收集与处理15
三猪全基因组低密度SNP芯片设计17
3.1芯片平台选择18
3.2导入参考基因组19
3.3特征选择与SNP筛选20
3.4芯片制备与质量控制21
3.5芯片数据解读22
四效果评估24
4.1样本覆盖度分析24
4.2特异性与灵敏度评价26
4.3精确度与一致性分析27
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猪全基因组低密度SNP芯片的设计与效果评估
目录
猪全基因组低密度SNP芯片的设计与效果评估（1）．．．．．．．．．．．．．．．4
一、内容概括．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
1.1研究背景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5
1.2研究意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5
1.3研究内容与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6
二、材料与方法．．．．．．．
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第十二讲snp分型芯片与药物基因组学.ppt
课时安排 5月6日 SNP 5月13日 甲基化 5月20日 蛋白芯片和组织芯片 5月27日 微流控 6月3日 文章阅读的讲解 6月10日 答疑 6月17日 随堂考试 SNP分型芯片与药物基因组学 第十二讲 分子遗传标记的特点 直接以DNA形式表现，在基因组中的定位明确，是生殖细胞中存在的变异 (germ cells，egg or sperm) ，可遗传，在生物体各发育阶段，各组织均可检测到，检测简单易行。 分子遗传标记发展 RFLP restrict fragment length polymorphism 限制性片段长度多态性 SSLP simple se
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摘要
连续性纯合片段（RunsofHomozygosity，ROH）是指从共同祖先遗传的相同单倍
型而不经过重组的基因组片段。目前，ROH被广泛用于研究畜禽的遗传多样性、群体
统计学历史和选择信号。本研究利用50KSNP芯片数据分析了3,770头S21系杜洛克
猪和2,096头S22系杜洛克猪基因组的ROH模式，鉴定了受选择的候选基因，并开
展了ROH与表型的关联分析。主要研究结果如下：
（1）S21和S22的ROH个数分别为256,530和152,877，
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绵羊基因组信息总结;目录;01;绵羊基因组研究背景;绵羊基因组研究意义;绵羊基因组研究进展;02;绵羊基因组大小与组成;绵羊基因组染色体结构;绵羊基因组基因家族;03;绵羊与家畜的基因组比较;绵羊与野生祖先的基因组比较;绵羊基因组进化特征;04;绵羊基因组转录组学;绵羊基因组蛋白质组学;绵羊基因组代谢组学;05;绵羊遗传性疾病;绵羊基因与疾病关系;绵羊疾病基因检测;06;绵羊基因组育种策略;绵羊基因组选择育种;绵羊基因组育种实例;07;未来研究方向;绵羊基因组研究挑战;绵羊基因组研究意义与价值;THANKS
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基因芯片按应用领域主要分以下几类，用于基因组研究的SNP和CNV芯片；用于mRNA表达研究的基因表达谱芯片；用于转录调控研究的microRNA芯片和LncRNA芯片；以及用于表观遗传研究的DNA甲基化芯片。目前世界上主流的芯片制造商主要有4几家，分别是采用第二代基因芯片技术的美国affymetrix公司、美国agilent公司和ROCH nimblegen公司，以及采用第三代基因芯片技术的美国illumina公司。
在SNP芯片研究领域，美国illumina公司毫无疑问是霸主，illumina公司凭借自己开发的GoldenGate技术和inf
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(22)申请日 2022.03.14
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一、选题背景
浸矿是一种重要的金属矿山开采方式，但同时也会造成环境问题。浸矿产生的废水和酸性排放物会对周围的生态环境造成危害，甚至会对人体健康造成威胁。为了减少浸矿对环境的不良影响，需要研究浸矿微生物群落的结构和功能。
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本研究将构建浸矿微生物群落基因组芯片，评估其性能，并应用于酸性环境下的微生物群落分析，旨在揭示浸矿微生物群落的基因组特征及酸性环境下微生物群落的变化及其对生态