全基因组范围内SNP关联分析(GWAS)技术.pdf

基本内容 1 单核苷酸多态及数据格式 2 GWAS关联分析技术 3 SNP单倍型分析技术 4 SNP数据分析软件操作 一、单核苷酸多态及数据格式 一、单核苷酸多态及数据格式 单核苷酸多态性 (single nucleotide polymorphism，SNP) 主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引 起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见 的一种。 个体 序列 AGATACGGCTAAACTTGGGGGTTTTTAAACCCCTT chr6 1 chr6 AGATAAGGCTAAACTTGGGGGTTTTTAAGCCCCTT AGATAAGGCTAAACTTGGGGGTTTTTAAGCCCCTT 2 chr6 AGATAAGGCTAAACTTGGGGGTTTTTAAACCCCTT AGATACGGCTAAACTTGGGGGTTTTTAAGCCCCTT 3 chr6 AGATACGGCTAAACTTGGGGGTTTTTAAGCCCCTT AGATAAGGCTAAACTTGGGGGTTTTTAAACCCCTT 4 chr6 AGATAAGGCTAAACTTGGGGGTTTTTAAACCCCTT 突变率低，一次突变，遗传+ 自然选择使得等位扩增，snp多为二态 一、单核苷酸多态及数据格式 注： （1）理论上讲，SNP既可能是二等位多态性，也可能是3个或4个等位多 态性，但实际上，后两者非常少见，几乎可以忽略。 （2 ）占所有已知多态性的90% 以上。 （3 ）SNP数目： 目前，测得大约1500~3000 万个SNP 位点（平均约每100~200 bp ) 存在一个单碱基突变。 一、单核苷酸多态及数据格式 （4 ）从对生物的遗传性状的影响上来看，SNP又可分为2种： 同义SNP(synonymous SNP),即SNP所致的编码序列的改变并不影响其所 翻译的蛋白质的氨基酸序列，突变碱基与未突变碱基的含义相同。 非同义SNP(non-synonymous SNP),指碱基序列的改变可使以其为翻译的 蛋白质序列发生改变，从而影响了蛋白质的功能。 一、单核苷酸多态及数据格式 人类基因组中3000万的SNP，遍布全基因组，由于其分布广、密度 高、检测技术手段成熟，伴随和HapMap计划的完成和1000genome计划 的开展，目前已被广泛应用于复杂疾病风险位点的检测中。 我们的目的： 寻找哪些SNP标记与疾病相关—关联分析 一、单核苷酸多态及数据格式 单核苷酸多态的测定及数据格式 （1）PCR （2 ）SNP芯片 （3 ）新一代测序技术 AGATACGGCTAAACTTGGGGGTTTTTAAACCCCTT 1 chr6 AGATAAGGCTAAACTTGGG