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一、项目名称 高通量组学技术在重大疾病研究中的应用 二、申报奖种 山东省自然科学奖 三、申报单位 山东大学齐鲁医院 四、推荐单位意见 该项目“高通量组学技术在重大疾病研究中的应用” 以动脉粥样硬化、Graves病和肿瘤等重大疾病为研究对象，聚焦以基因组、转录组和蛋白组为代表的多组学技术在复杂疾病研究中应用的实际问题，取得了多项创新性成果。相关成果在PNAS、Science、Stroke和J Clin Endocrinol Metab等国际著名杂志发表SCI论文18篇，总影响因子超过120，被引用超过1500余次，并被F1000评价为“非常好”，推荐阅读。这说明该项目的研究质量、价值和科学意义得到了国际著名专家的认可和推荐，对其它复杂疾病的系统研究也有重要的借鉴意义。对照山东省科学技术奖授奖条件，推荐该项目申报山东省自然科学奖二等奖。 五、项目简介 动脉粥样硬化等代谢性疾病和肿瘤是目前全球最主要的致死病因，它们的发病机制非常复杂，涉及众多内外因素在不同水平长期复杂的相互作用。除了单独某一个基因/蛋白的研究，还需要从系统和整体角度进行研究，才能揭示其发病机制。以基因组、转录组和蛋白组为代表的组学技术为实现这一目标提供了可能。但仍存在如何将组学技术与疾病研究结合、将全局性组学技术与精细功能研究结合、如何整合不同组学数据等问题。申请人以动脉粥样硬化、Graves病和白血病为代谢性疾病和肿瘤的代表，对上述问题进行了一系列的研究，取得了多项研究成果：例如用不同组学技术和数据整合分析方法，揭示了动脉粥样硬化发生发展中涉及的新miRNA/mRNA和新通路；首次发现循环miRNA的运输形式与疾病关系密切，为发现疾病标志物拓宽了思路；发现维甲酸通路抑制可能是调节性T细胞功能不良而发生自身免疫异常的重要原因，为其治疗提供了新的潜在手段；利用免疫蛋白组技术揭示细菌等感染因素在自身免疫和炎症中发挥重要作用；还建立了易于操作的转录组和蛋白组等组学数据分析方法和流程，提出数据层和结论层整合的系统生物学数据整合方法。截至2015年5月，该项目已在PNAS、Science、Stroke和J Clin Endocrinol Metab等国际著名杂志发表SCI论文18篇，总影响因子超过120。目前已被引用超过1500余次。这说明该项目的研究质量、价值和科学意义得到了国际著名专家的认可和推荐，对其它复杂疾病的系统研究也有重要的借鉴意义。 六、客观评价 该项目发表的与成果相关的文章已被引用超过1500余次，在Lancet(IF=39)，Science(IF=30.3), Nature Medicine(IF=27.6), Endocrine Reviews (IF=14.9), Hepatology (IF=11.4)和PNAS(IF=9.5)等国际著名杂志被正面引用。这都充分说明该项目研究的质量、价值和科学意义得到了国际同行的认可。并且项目成果2相关的文章发表后还被F1000推荐阅读。F1000是由全球近6000名生物医学领域的顶尖科学家对世界上最重要的科研论文提供的推荐服务，它根据专家意见来评级和评价，分为“好”、“非常好”和“杰出”，是论文质量的度量标准，也是判断论文科学影响力的重要提示。申请人这一研究被评价为“非常好”，这说明我们研究的质量、价值和科学意义得到了国际著名专家的认可和推荐。 七、代表性论文专著目录序号 论文专著名称 发表刊物(出版社) 发表(出版)时间 JCR分区 作者（按刊物发表顺序） 影响因子 他引总次数 SCI他引次数 证明材料 1 A systems biology understanding of the synergistic effects of arsenic sulfide and Imatinib in BCR/ABL-associated leukemia Proc Natl Acad Sci U S A 2009 Mar 3 1 Zhang QY, Mao JH, Liu P, Huang QH, Lu J, Xie YY, Weng L, Zhang Y, Chen Q, Chen SJ, Chen Z. 9.43 119 119 检索证明 2 Systems analysis of transcriptome and proteome in retinoic acid/arsenic trioxide-induced cell differentiation/apoptosis of promyelocytic leukemia Proc Natl Acad Sci U S A 2005 May 24 1 Zheng PZ1, Wang KK, Zhang QY, Huang QH, Du YZ, Zh