金银花dna去甲基化酶基因的生物信息学分析-药学学报.pdf

药学学报 Acta Pharmaceutica Sinica 20 15, 50 (3): 367 371 ·367 · 银花DNA 去甲基化酶基因的生物信息学分析 1, 2 2* 2 2 1 齐琳洁 , 袁 媛 , 伍 翀 , 黄璐琦 , 陈 平 (1. 武汉轻工大学, 湖北 武汉 430023; 2. 中国中医科学院中药资源中心, 道地药材国家重点实验室培育基地, 北京 100700) 摘要: DNA 去甲基化酶基因广泛存在于植物中, 本文主要通过生物信息学的方法从金银花转录组中获得 4 个DNA 去甲基化酶基因, 分别为LJDME1 、LJDME2 、LJDME3 和LJDME4 , 并预测其编码蛋白的理化性质和表 达模式。系统进化树结果表明LJDME1 、LJDME2 聚为一 , LJDME3 、LJDME4 聚为一 , 与拟南芥中的DME 关系更为密切。基因表达分析表明, 4 个DNA 去甲基化酶基因在变种间差异表达明显, LJDME1 、LJDME2 基因 表达水平在红金银花中高于金银花, 推测其可能参与调控金银花活性成分积累的过程, 并且4 个DNA 去甲基化 酶基因具有组织表达特异性。本研究为进一步解析金银花中DNA 去甲基化酶的功能奠定了基础。 关键词: 金银花; 去甲基化酶基因; 生物信息学分析 中图分类号: R93 1 文献标识码: A 文章编号: 0513-4870 (20 15) 03-0367-05 Bioinformatics analysis of DNA demethylase genes in Lonicera jap onica Thunb 1, 2 2* 2 2 1 QI Lin-j ie , YUAN Yuan , WU Chong , HUANG Lu-qi , CHEN Ping (1. Wuhan Polytechnic University, Wuhan 430023, China; 2. State Key laboratory of Dao-di Herbs, National Resources Centerfo r Chinese Materia Medica, China A cademy of Chinese Medica l Sciences, Beij ing 100700, China ) Abstract : The DNA demethylase genes are widespread in plants. Four DNA demethylase genes ( LJDME1 , LJDME2 , LJDME3 and LJDME4) were obtained from transcriptome dataset of Lonicera j apo nica Thunb by using bioinformatics methods and the proteins physicochemical properties they encoded were predicted. The