不同蛋白提取液对动物组织全蛋白质组鉴定的影响.pdf

AN_C_LCMSMS_1_201704Y 不同蛋白提取液对动物组织全蛋白质组 鉴定的影响 前言 孙佳楠唐家澍 目前利用高分辨质谱仪能够对细胞的全蛋白质组进行深度覆盖，鉴定细胞内接 赛默飞世尔科技( 中国) 有限公司 [1-3] 近全蛋白质组的蛋白数目 ，同时对于多种生物学过程中所涉及的翻译后修饰 [4] 也能进行深度的鉴定和定量 。质谱仪的能力和样品前处理是影响实验结果的两 大重要因素，本文主要分析样品前处理过程中不同蛋白提取液对动物组织全蛋 关键词 白质组鉴定的影响。 蛋白质组深度鉴定，小鼠肝组织， 细胞裂解和蛋白质提取一般采取机械和物理两种方法相结合。传统的机械裂解 蛋白提取液 如研磨、反复冻融、超声与溶液内剪切等对细胞进行破碎，为了提高蛋白提取 效率，机械裂解的同时加入表面活性剂或变性剂，破坏细胞及细胞器脂膜同时 [5] 增加蛋白溶解度 。常用的表面活性剂分为离子型、两性离子型和非离子型三大 类，最常添加的非离子型表面活性剂有 Triton X-100 和 NP-40 二者可使蛋白质 最小化变性；离子型的表面活性剂 SDS ，可完全溶解细胞膜，蛋白提取效率最高， 但蛋白质完全变性失活。常用的蛋白变性剂如尿素和盐酸胍，能够断裂蛋白氢 键，使蛋白发生不同程度的变性，同时增大疏水氨基酸残基在水相中的溶解度。 因此根据实验目的、样品类型以及样品量选择合适的机械裂解与蛋白提取液， 将有助于提高蛋白质组研究的深度。 本文工作分析 4 种不同蛋白提取液 SDT （2% SDS, 实验方法 100 mM DTT ，100 mM Tris-HCL, PH7.6 ）、M-PER 1. 样品处理 （ThermoFisher 哺乳动物细胞蛋白提取试剂盒，专利去 分别使用4 种不同蛋白提取液提取灌流后的小鼠肝脏全蛋 垢剂，25 mM bicine ，pH7.6 ）、T-PER （ThermoFisher 白，为保证蛋白酶解时酶的最佳活性，因此需将蛋白样品 哺乳动物组织蛋白提取试剂盒, 专利去垢剂，25 mM 中的去垢剂去除，其中 SDT 、M-PER、T-PER 采取 FASP bicine ，150 mM sodium chloride, pH7.6 ） 以及 RIPA [6] 超滤方法去除 。RIPA 蛋白提取液中的 NP-40 在临界微 （50 mM Tris/HCl ，150 mM NaCl ，1% NP