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一、前言

在分子动力学模拟中，LAMMPS（Large-scale

Atomic/MolecularMassivelyParallelSimulator）是一款广泛使用

的开源软件，可以用于模拟原子尺度的材料性质和行为。在进行分子

动力学模拟时，经常需要对原子进行类型分类，并对轨迹文件进行相

应修改。本文将介绍如何在LAMMPS的轨迹文件中加入原子类型的

操作方法。

二、了解LAMMPS轨迹文件

1.LAMMPS轨迹文件是记录了分子动力学模拟中每个时间步的原

子位置信息的文本文件。

2.每行代表一个原子的位置信息，通常包括原子类型、坐标等信息。

3.原子类型是区分不同种类原子的重要属性，在模拟过程中具有重

要意义。

三、加入原子类型的方法

1.打开轨迹文件

在使用任何文本编辑器（如Notepad++、SublimeText等）打

开轨迹文件。

2.查找原子类型对应的信息

在每一行中可以找到相应的原子类型信息，通常是一个代表原子

类型的整数。氧原子通常用1表示，氢原子可以用2表示。

3.添加原子类型

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在每一行的原子位置信息后面加入原子类型信息。在每一行的末

尾加入“1”或“2”来表示该行的原子类型。

4.保存文件

在添加完所有原子类型信息后，保存文件并关闭文本编辑器。

四、注意事项

1.确保添加的原子类型信息与模拟参数一致。

2.在进行模拟之前，对轨迹文件进行备份，以免出现意外情况导致

数据丢失。

3.在修改轨迹文件时，一定要小心谨慎，避免出现错误。

五、实例演示

以下是一个示例轨迹文件的部分内容：

10.1230.2340.345

20.4560.5670.678

10.7890.8900.901

在上述示例中，每行代表一个原子的位置信息，原子类型信息分别

为1和2。

经过添加原子类型后的示例轨迹文件的部分内容如下：

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lammps轨迹文件里加入原子类型--第3页

10.1230.2340.3451

20.4560.5670.6782

10.7890.8900.9011

在此示例中，每行末尾分别加入了原子的类型信息。

六、总结

通过上述步骤，我们可以很容易地在LAMMPS的轨迹文件中加入

原子类型的信息。这将有助于我们更准确地进行分子动力学模拟，并

对模拟结果进行更为准确的分析和解释。在实际操作中，我们应当注

意备份文件、保证一致性，并小心谨慎地进行操作。希望本文对您有

所帮助，谢谢阅读！七、加入其他属性信息

除了原子类型外，有时候在轨迹文件中还需要添加其他属性信息，比

如原子的速度、加速度或者原子的电荷等。在LAMMPS中，每个属

性信息都可以通过在轨迹文件中添加相应的字段来进行记录。

1.添加原子速度信息：

在每行的末尾添加原子的速度信息，通常是三个实数，分别代表原子

在x、y、z方向的速度。

10.1230.2340.3451