LAMMPS编译.docx

LAMMPS编译fatcharm（肥超）前言：? ?? ? 2007年，曾写过《lammps学习指南》，反响不错，颇为欣慰。LAMMPS的发展可以说是日新月异，相比三年前，更是有了很大的变化。结合RCS的发行，我想再写一个连载，题目暂定做《LAMMPS Step by Step》。? ? 只所以想写这样一个连载，仅仅是对于自己使用LAMMPS的一个总结，其中的大部分内容，来自LAMMPS手册、mdbbs上【LAMMPS】版的讨论，以及平时跟网友的交流。使用LAMMPS遇到的任何问题，不能依赖别人，查阅手册是王道。提问之前，请阅读RCS第1期中的《你是合格的菜鸟吗？》一文。? ? 既然是一个连载，故从LAMMPS编译开始讲起。本文中，并不是严格采用简单列举LAMMPS编译步骤的方式，而是希望通过讲解，让读者对LAMMPS的整个编译过程有自己的理解，从而可以在理解的基础进行编译。再次建议，请仔细阅读LAMMPS手册2.2和2.3两节中的相关内容。一。准备需要准备：LAMMPS源代码，Linux系统，编译器，合适的Makefile文件，必要的库文件（MPI，FFTW等）。（1）LAMMPS源代码：可以从官方网站下载，解压等操作不再阐述，参考以下命令：gunzip lammps*.tar.gz tar xvf lammps*.tar （2）Linux系统：个人还是偏爱Linux系统下的LAMMPS计算。关于Windows版本：LAMMPS官方已经提供一个相对比较全的版本（includes MPIan FFT library, built with all packages except: gpu, meam, opt, reax, xtc, user-atc, user-imd）。新手可以拿这个版本练习。如果要自己编译，那么/src/MAKE/Windows/中有可供参考的信息。除此之外，可以考虑Windows下的Cygwin。如果你打算长期以LAMMPS作为你的模拟工具，强烈推荐相关的Linux版本。（3）编译器：目前LAMMPS推出的是C++版本的（LAMMPS 2001和LAMMPS99 分别为Fortran90和Fortran77版的，但LAMMPS 2001仅更新至2005年1月）。故需要C++编译器，推荐Intel的icc（有非商业免费版本）或g++。如何安装，请到网上搜索。如果需要添加MEAM和REAX等package，那么还需要Fortran编译器，推荐Intel的ifort或gfortran。（4）Makefile文件：按照你的平台在/src/MAKE/目录中选择合适你的Makefile文件，如果没有那么考虑Makefile.g++3或Makefile.linux。一般都需要进行必要的修改，下一节详述。（5）MPI和FFTW的配置：以MPICH 2.1为例，介绍其安装步骤，可以下载MPICH 1.2。下载之后解压相关文件，进入其目录，然后依次执行以下命令： ./configure --prefix=指定的安装路径makemake install但是，这并不意味这你就可以进行并行计算了，还需要进行相关的配置。关于MPI的详细配置，请搜索网络中的介绍，此处不再详述。关于FFTW，注意要下载FFTW 2.1.5，而不是其它较新的版本。解压后，进入目录，依次执行以下命令：./configure --prefix=指定的安装路径 makemake install二。Makefile文件Makefile定义了一系列的规则来指定，/src中哪些文件需要先编译，哪些文件需要后编译，甚至于其它更复杂的功能操作。在2010年1月份发行的版本中，LAMMPS已经对Makefile的结构作了很大的调整，以使其更为合理和清晰。关于Makefile更深层次的理解，请在网上搜索《跟我一起写Makefile（by 陈皓）》。对LAMMPS这样一个庞大的体系来说，文件/src/Makefile指定了编译LAMMPS的所有规则，而用户可能需要对/src/MAKE/Makefile.***（下文可能简称为Makefile文件）进行修改。下面，以/src/MAKE/Makefile.g++3为例，对其进行简要解析。# g++ = RedHat Linux box, g++, MPICH2, FFTWSHELL = /bin/sh# ---------------------------------------------------------------------# compiler/linker settings# specify flags and libraries needed for your compilerCC = g++CCFLAGS