Lammps for GPU编译手册.pdf

Lammps for GPU 编译手册 —成都中讯 LAMMPS 即 Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator， 可以翻译为大规模原子分子并行模拟器，主要用于分子动力学相关的一些计 算和模拟工作，一般来讲，分子动力学所涉及到的领域，LAMMPS 代码也都涉 及到了。 LAMMPS 由美国 Sandia 国家实验室开发，以 GPL licence 发布，即开放源代 码且可以免费获取使用，这意味着使用者可以根据自己的需要自行修改源代 码。LAMMPS 可以支持包括气态，液态或者固态相形态下、各种系综下、百万 级的原子分子体系，并提供支持多种势函数。且 LAMMPS 有良好的并行扩展性。 本文着重介绍 LAMMPS 在 GPU环境下的编译步骤。 所涉及到的软件及环境版本如下： 系统版本：RHEL5.3 LAMMPS版本为：lammps-7May11.tar.gz 编译器：GNU MPI： mpich2-1.2.1p1.tar.gz 傅立叶变换库：fftw-2.1.5.tar.gz GPU：Nvidia Tesla C2050 GPU驱动：devdriver_3.2_linux_64_260.19.26.run CUDAtoolkit：cudatoolkit_3.2.16_linux_64_sled11.0.run CUDASDK：gpucomputingsdk_3.2.16_linux.run 一、CUDA环境安装 NVIDIA GPU CUDA 平台环境主要分为三部分，登陆网站： /object/cuda_get_cn.html 根据所要安装的操作系统类型下载相关驱动 及 toolkit 和 SDK 1：驱动安装 安装 GPU 驱动之前先修改/etc/inittab 中 id:5:initdefault 为 id:3:initdefault 使 linux 以命令 行方式启动。重启后 sh devdriver_3.2_linux_64_260.19.26.run 根据提示安装，安装完毕 可以在执行[nvidia-xconfig -query-gpu-info]以查看所安装的 NVIDIA GPU,输出如下： [root@a38 cuda]# nvidia-xconfig -query-gpu-info Number of GPUs: 1 GPU #0: Name : Tesla C2050 PCI BusID : PCI:7:0:0 Number of Display Devices: 0 2：安装 NVIDIA CUDA Toolkit CUDA toolkit 是 NVIDIA 公司提供给 CUDA 平台下程序开发者的一个重要工具。它默认安 装在/usr/local/cuda 目录下，提供了 CUDA 平台下编译器、cublas 库、cufft 库、cudaprof 等.在安装结束时需设置环境变量。 sh cudatoolkit_3.2.16_linux_64_sled11.0.run 根据提示按默认路径/usr/local/cuda 安装， 完成后 vi /root/.bash_profile 添加：export PATH=/usr/local/cuda/bin:$PATH #指定 nvcc 路径 export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda/lib64:$LD_LIBRARY_PATH #指定 libcudart.so 路径 source /root/.bash_profile 执行 nvidia-smi –a 查看所安装的 CUDA GPU 输出如下： [root@a38 lib64]# nvidia-smi -a ==============NVSMI LOG============== Timestamp : Fri Jul 22 14:10:54 2011 Driver Version : 260.19.26 GPU 0: Product Name : Tesla C2050 PCI Device/Vendor ID : 6d110de PCI Loca