linux 安装 lammps.doc
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方法一:
【原创】Linux下安装单机多核并行lammps(附meam包)(2010-12-08 08:45:50)转载▼标签: lammps并行安装meam 分类: 计算材料
总结:Linux下安装单机并行lammps
○.机器配置:
1.处理器:Intel XEON × 2
2.主板:Intel S5500BC
3.内存:金士顿4G × 6
4.操作系统:Redhat Enterprise 5.3 x86_64
一.下载需要的源文件
fftw-2.1.5.tar.gz
下载地址:/download.html
mpich2-1.0.2p1.tar.gz
下载地址:/pub/mpi/old/
lammps-1Dec10.tar.gz
下载地址:/tars/
并以root身份(以下均在root下)拷贝到 /usr/local/src目录下
二.安装FFTW
# tar xvzf fftw-2.1.5.tar.gz
# cd fftw-2.1.5
# ./configure --prefix=/opt/mathlib/fftw215-gnu --enable-float
# make
# make install
三.安装MPICH2
# tar xvzf mpich2-1.0.2p1.tar.gz
# cd mpich2-1.0.2p1
# ./configure --prefix= /opt/mpich2-gnu
# make
# make install
如果不出错,应该就是安装成功了。接下来的工作时进行配置。
MPI应用一个管理器来管理运行MPI程序,这个管理器就是mpd,但是在正式开始运行mpd前还需要一个基于安全考虑的配置文件.mpd.conf,这个文件是要放在运行程序的用户的home目录下,本例子中就是/home/mpi/.mpd.conf,而且这个文件只能由这个用户读写,创建文件的命令是,
# cd $HOME
# touch .mpd.conf
# chmod 600 .mpd.conf
什么意思,我暂时也不太清楚,但是就这么做就可以了。
可参考:/s/blog_5f3365780100ojki.html
四.安装lammps,附带meam包
# tar xvzf lammps-1Dec10.tar.gz
# cd lammps-1Dec10/cd lib/meam/
# make -f Makefile.gfortran (intall meam, you can also choose other versions)
# cd ../src/MAKE
# vim Makefile.g++ (edit the Makefile)
***********************************Makefile.g++ beginn**********************************
(说明:红色字表示改动或添加的部分)
# g++ = RedHat Linux box, g++4, gfortran, MPICH2, FFTW
SHELL = /bin/sh
# ---------------------------------------------------------------------
# compiler/linker settings
# specify flags and libraries needed for your compiler
CC = g++
CCFLAGS = -g -O -DFFT_FFTW -DLAMMPS_GZIP -DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK -I/opt/mathlib/fftw215-gnu/include -I/opt/mpich2-gnu/include -I../../lib/meam
DEPFLAGS = -M
LINK = g++
LINKFLAGS = -g -O -L/opt/mathlib/fftw215-gnu/lib -L/opt/mpich2-gnu/lib -L../../lib/meam
LIB =
ARCHIVE = ar
ARFLAGS = -rc
SIZE = size
# ------------------------------
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