分子进化与系统发育分析.ppt

**********************************************Simplescenarioforfunctionprediction.Assignorthologues,predictthesamefunction.Complicationsarise(nextslide).*****************outfile是一个记录文件，记录了分析的过程和结果，可以直接用文本编辑器（如写字板）打开。outtree是分析结果的树文件，可以用phylip提供的绘树程序打开查看，也可以用其他的程序来打开，如treeview等。Phylip软件包的应用第93页，讲稿共115页，2023年5月2日，星期三现有8段protein序列：P1MPRFAANLSMMFTEVPFIERFAAARKAGFDAVEFLFPYNYSTLQIQKQLEP2MPRFEANLSMMFTEVPFAERFADARKAGFDAVEFLFPYCYSDLQIQCQLEP3WPRFEANLSMMFTEVPFAERFADARKIGFDAEEFLFPYCYSDLQIQCQLEP4MPCFAANLSMMFTEVPFIERFAAARKAGFDAVEFLFPYNYSTLQIQKQLEP5MPRFEANLSMEFTAVPFIERFADARKAGFDAVEFLFPYCYSTLQIQKQLEP6MPRFEANLSMMFTEVPFAERFADARKAGFDAEEFLFPYCYSDLQIQCQLEP7MPRFEANLSMEFTEVPFIERFADARKAGFDAVEFLFPYCYSTLQIQKQLEP8WPRFEANLSMMFTEVPFAERFADARKAGFDAEEFLFPYCYSDLQIQCQLE示例：Phylip软件包构建进化树第94页，讲稿共115页，2023年5月2日，星期三

第一步：使用CLUSTALX多序列比对，输出格式为*.PHY第95页，讲稿共115页，2023年5月2日，星期三输出的*.PHY文件：8和50分别表示8个序列和每个序列有50个碱基第96页，讲稿共115页，2023年5月2日，星期三

第二步：双击打开SEQBOOT,按路径输入刚才生成的*.PHY文件；设定适当参数；输出outfile文件。第97页，讲稿共115页，2023年5月2日，星期三重命名Outfile文本文件为Outfile1，打开如下：（包括了100个replicates）第98页，讲稿共115页，2023年5月2日，星期三第三步：打开PROTPARS（最大简约性法），输入Outfile1文件后如下显示：设定适当参数；运行输出outfile和treefile文件。第99页，讲稿共115页，2023年5月2日，星期三重命名Outfile文本文件为Outfile2，打开如下：（包括了100个replicates的结果）第100页，讲稿共115页，2023年5月2日，星期三第四步：打开CONSENSE程序，输入outfile2，运行输出outfile和treefile文件。分别重命名为outfile3和treefile3.tre第101页，讲稿共115页，2023年5月2日，星期三获得的结果文件中，文本文件outfile3显示如下：outfile第102页，讲稿共115页，2023年5月2日，星期三树文件outtree3.tre用TREEVIEW软件打开显示：outtree第103页，讲稿共115页，2023年5月2日，星期三MEGA4.0:下载及安装/第104页，讲稿共115页，2023年5月2日，星期三例：PKA家族的系统发育分析KaUniProtbS.cerevisiaeTPK1KAPA_YEASTTPK2KAPB_YEASTTPK3KAPC_YEASTC.eleganskin-1KAPC_CAEELD.melanogasterPka-C1KAPC_DROMEPka-C2KDC1_DROMEPKA-C3KDC2_DROMECG12069Q9VA47_DROMEH.sapiensPKACaQ32P54_HUMANPKACbKAPCB_HUMANPKACgQ5VZ02_HUMANPRKXPRKX_HUMANPRKYPRKY_HUMAN第105页，讲稿共115页，2023年5月2日，星期三F