实验七分子系统发育分析资料.ppt

* * 2)序列导入MEGA 5 首先打开MEGA 5软件，界面如下： * * * * * * * * * * * * 野鸽 蝙蝠 大鼠 野猪 牛 人 马 * * * * 作 业 下载核糖核酸酶的蛋白质序列（NP_002924，XP_004054900，Q8SQ12，Q8SQ08，Q8SQ06，P61821，NP_001038203, XP_003901552, NP_001009108, Q8SQ05）存为RNASE1.txt 用写字板整理这些序列，整理为Clustal软件的输入文件。 用ClustalX对核糖核酸酶Rnase进行多序列比对分析（序列文件RNASE1.txt ），将比对结果（.aln文件）以Word文档保存，并存成.fasta文件。用框图圈出该序列中的保守位点，找出3个易变位点。 * 利用MEGA5，对以上序列进行系统发育分析，利用NJ方法构建系统发育树，Bootstrap检验循环次数设为500，将建好的树图编辑，写出每个分支的序列属于哪个物种，翻译出物种名称，并分析哪些物种的核糖核酸酶亲缘关系较近，建好的树图和分析结果整理到实验报告中上交。 将多序列比对和建好的系统发育树图及分析结果整理到实验报告中上交。 * 实验报告 到网络教学平台-基因与蛋白质组学数据分析B2100029-教学材料-实验课件 下载基因与蛋白质组学数据分析实验报告模版 将上述问题答案整理到实验报告中，正反打印放在2张纸上（不超过2张），下次实验课上交。 * 谢谢大家！ * 系统发生（或种系发生、系统发育，phylogeny）是指生物形成或进化的历史 系统发生学(phylogenetics)研究物种之间的进化关系，其基本思想是比较物种的特征，并认为特征相似的物种在遗传学上接近 * 但是，利用表型特征是有局限性的。有时候关系很远的物种也能进化出相似 的表型，这是由称为趋同进化(convergent evolution)的过程造成的。例如，如果一个生物学 家按照生物体是否有眼睛来构建进化树，那么他可能将人类、两翼昆虫和软体动物放在同一 个进化组中，因为它们都有光探测器官。在这个例子中，很明显这三种生物体并不具有密切 的关系，在其它特征上有天壤之别，就是它们眼睛的构造也大相径庭。这说明表型有时候会 误导我们，表型相似并不总是反映基因相似 * 随着人们对生物的认识从宏观发展到微观，科学家对物种分类的依据也从宏观上的形态 发展到了微观上的分子，并且有了突破性的进展，系统发生分析进入分子层次。科学家认为现今世界上存在的核酸和蛋白质分子都是从共同的祖先经过不断的进化而形成的，作为生物遗传物质的核酸和作为生命机器的蛋白质分子中存在着关于生物进化的信息，可用于系统发生关系的研究。在分子水平上进行分析具有许多表型分析所没有的优势，所得到的结果更加科学、可靠。分子系统发生分析直接利用从核酸序列或蛋白质分子提取的信息，作为物种的特征，通过比较生物分子序列，分析序列之间的关系，构造系统发生树，进而阐明各个物种的进化关系 1987年，美国科学家通过对线粒体DNA研究提出了人类起源于非洲并向其它地方迁移的学说。1998年，北京、上海、湖南、云南等地的 14位权威的遗传学家，利用微卫星探针系统研究了遍及中国的28个群体，以及五大洲民族群体间的遗传关系，发现亚洲人基因遗传物质的组成成分与非洲人相似，首次为中国人起源于非洲的学说提供了重要的遗传学证据。 * 如: 关于现代人起源的研究: 线粒体DNA ——所有现代人都是一个非洲女性的后代 1987年，美国科学家通过对线粒体DNA研究提出了人类起源于非洲并向其它地方迁移的学说。1998年，北京、上海、湖南、云南等地的 14位权威的遗传学家，利用微卫星探针系统研究了遍及中国的28个群体，以及五大洲民族群体间的遗传关系，发现亚洲人基因遗传物质的组成成分与非洲人相似，首次为中国人起源于非洲的学说提供了重要的遗传学证据。 * 最经典的实例 16S 核糖体RNA（16S ribosomal RNA，或简称为 16S?rRNA）是原核生物的核糖体中30S 亚基的组成部分。16S rRNA的长度约为1,542?nt。 一个细菌的细胞中可包含多种具有不同序列的16S rRNA * * 物种名 空格 蛋白名 * 复旦大学 实验七：分子系统发育分析 杜 娟 dujuannx@126.com 基因与蛋白质组学数据分析 实验项目七：分子系统发育分析 一、 实验目的和要求： 掌握批量下载核酸或蛋白质序列方法 掌握多序列比对及分子系统发育分析输入文件的准备 掌握多序列比对软件Clustal的使用 掌握分子系统发育分析软件MEGA的使用 熟悉分子系统发育分析的结果 *