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肿瘤高通量基因测序技术规范

一、范围

本规范规定了肿瘤高通量基因测序技术的实验室要求、人员要求、样本采集与处理、测序流程、质量控制、报告解读与审核等方面的技术标准。适用于开展肿瘤高通量基因测序的各类医疗机构、第三方医学检验实验室等。

二、规范性引用文件

下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。

-《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》

-《临床实验室质量控制》

-《医学实验室-质量和能力的要求》

三、术语和定义

1.高通量基因测序：又称下一代测序技术，是一种能同时对大量DNA分子进行测序的技术，具有通量高、速度快、成本低等特点。

2.肿瘤高通量基因测序：应用高通量基因测序技术对肿瘤组织或相关样本中的基因信息进行检测和分析，以辅助肿瘤的诊断、治疗、预后评估等。

3.体细胞变异：发生在体细胞中的基因变异，通常不遗传给下一代，与肿瘤的发生、发展密切相关。

4.胚系变异：存在于生殖细胞中的基因变异，可以遗传给后代，部分胚系变异与遗传性肿瘤的发生有关。

四、实验室要求

（一）场地布局

1.实验室应分为试剂准备区、样本处理区、文库制备区、测序区和数据分析区等，各区域应独立隔开，有明确的标识，防止交叉污染。

2.每个区域应配备相应的通风、照明、温度和湿度控制设备，确保环境条件符合实验要求。例如，试剂准备区温度应控制在2-8℃，样本处理区应保持相对稳定的室温（18-26℃）和湿度（40%-60%）。

（二）仪器设备

1.配备高通量测序仪及相关的配套设备，如核酸提取仪、PCR仪、离心机、移液器等。设备应定期进行校准和维护，确保其性能稳定可靠。

2.建立设备使用记录和维护档案，详细记录设备的使用情况、校准时间、维护内容等信息。

（三）生物安全防护

1.实验室应具备完善的生物安全防护设施，如生物安全柜、防护服、手套、护目镜等。操作人员应严格遵守生物安全操作规程，避免样本泄露和感染。

2.对实验室产生的废弃物应进行分类收集、处理和存放，遵循相关的环保和生物安全规定。

五、人员要求

（一）专业技术人员

1.实验室负责人应具有医学或生物学相关专业本科及以上学历，具备5年以上相关工作经验，熟悉高通量基因测序技术和实验室管理。

2.测序技术人员应具有医学或生物学相关专业大专及以上学历，经过专业培训并取得相应的资质证书，熟练掌握高通量基因测序的操作技能和数据分析方法。

3.报告审核人员应具有医学相关专业本科及以上学历，具有临床诊断和分子遗传学知识，能够准确解读测序报告。

（二）培训与继续教育

1.实验室应定期组织人员参加专业培训和学术交流活动，不断提高人员的专业素质和技术水平。

2.新上岗人员应接受系统的岗前培训，包括实验室规章制度、操作规程、质量控制等方面的内容，经考核合格后方可独立开展工作。

六、样本采集与处理

（一）样本类型

1.常用的样本类型包括肿瘤组织、血液、胸腹水、脑脊液等。肿瘤组织样本应尽量选取肿瘤细胞含量高的部位，避免坏死组织和正常组织的污染。

2.血液样本应采用EDTA抗凝管采集，采集后应在2小时内进行处理，避免血细胞破裂释放基因组DNA污染游离肿瘤DNA。

（二）样本采集

1.样本采集人员应严格按照操作规程进行操作，确保样本的质量和代表性。对于肿瘤组织样本，应在手术或穿刺过程中注意无菌操作，避免样本受到污染。

2.采集的样本应及时进行标识，标注患者姓名、性别、年龄、样本类型、采集时间等信息，并尽快送往实验室进行处理。

（三）样本处理

1.样本处理应在样本处理区内进行，按照标准的核酸提取和纯化方法获取高质量的DNA或RNA。

2.对提取的核酸进行浓度和纯度检测，确保其质量符合测序要求。一般来说，DNA浓度应不低于20ng/μl，A260/A280比值应在1.8-2.0之间；RNA浓度应不低于50ng/μl，RIN值应不低于7.0。

七、测序流程

（一）文库制备

1.根据测序平台和检测目的选择合适的文库制备方法和试剂盒。一般包括DNA片段化、末端修复、加接头等步骤。

2.对文库进行定量和质量检测，确保文库的浓度和插入片段大小符合测序要求。文库浓度一般应在2-20nM之间，插入片段大小应根据测序平台的要求进行调整。

（二）上机测序

1.将制备好的文库按照测序仪的操作规程进行上样和测序。在测序过程中，应实时监控测序数据的质量和进度，及时发现并解决可能出现的问题。

2.记录测序的相关参数和运行时间，确保测序数据的可追溯性。

（三）数据分析

1.测序完成后，采用专业的生物信息