实验五蛋白质序列解析.ppt

卷曲螺旋(coiled coil)是蛋白质中由2～7条α螺旋链缠绕成麻花状结构的总称 存在于多种天然蛋白质中，如转录因子、结构蛋白、膜蛋白中，在生物体内执行着代谢调控、分子运动、膜通道、分子识别等重要的生物功能， * 六 蛋白质卷曲螺旋域分析 典型的有亮氨酸拉链，存在7残基 重复结构（heptad repeat)，以a，b， c，d，e，f，g位置表示，其中a和d位置为疏水性氨基酸，而其他位置 残 基为亲水性 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 卷曲螺旋 控制蛋白质寡聚化的元件，存在于转录因子、蛋白融合多肽等 一种很简单的三级结构，容易预测 常用工具 COILS - Prediction of Coiled Coil Regions in Proteins （/software/COILS_form.html） Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 选择滑动窗口大小 选择打分矩阵和权重 选择输入格式，选择“SwissProtID or AC” 查询内容，输入Q9H2G9 /software/COILS_form.html Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. * * 图形结果 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. * 预测为卷曲螺旋的区域 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 七 结构域分析 结构域（structure domain）是在蛋白质三级结构中介于二级和三级结构之间的可以明显区分但又相对独立的折叠单元，每个结构域自身形成紧实的三维结构，可以独立存在或折叠，但结构域与结构域之间关系较为松散。 结构域通常由25~300个氨基酸组成，不同蛋白质结构域数目或同一蛋白质结构域相似度差异较大 蛋白质序列分析 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 常见的结构域主要有5种： 全平行结构域 反平行结构域 α+β结构域 α/β结构域 其他折叠类型 结构域是蛋白质的功能、结构和进化单元，结构域分析对于蛋白质结构的分类和预测有着重要作用。 蛋白质序列分析 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 七 基于结构域（模体）的蛋白质功能预测 一类基因具有转录功能， 且它们所编码的蛋白质都具有Y结构域（模体），蛋白质B也具有Y结构域（模体），因而蛋白质B的功能也应该与基因转录相关。 蛋白质B 转录活性 转录活性 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 蛋白质模体或结构域在氨基酸序列水平比其他区域保守，通过对序列比对可以发现这些在进化上较为保守的区域； 蛋白质模体或结构域通常与该蛋白质的功能直接相关； 根据模体或结构域信息可以对同源水平较低的蛋白质的进行功能预测。 基于结构域（模体）的蛋白质功能预测 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 七 蛋白质序列分析 蛋白质家族、结构域、位点及功能分析 绿脓假单胞菌 RpsA 层粘连蛋