蛋白质序列分析.ppt

结构域分析01Motif搜索蛋白质序列分析02二、蛋白质结构域及motif搜索蛋白质序列分析结构域（structuredomain）是在蛋白质三级结构中介于二级和三级结构之间的可以明显区分但又相对独立的折叠单元，每个结构域自身形成紧实的三维结构，可以独立存在或折叠，但结构域与结构域之间关系较为松散。结构域通常由25~300个氨基酸组成，不同蛋白质结构域数目或同一蛋白质结构域相似度差异较大结构域分析常见的结构域主要有5种：全平行结构域反平行结构域α+β结构域α/β结构域其他折叠类型结构域是蛋白质的功能、结构和进化单元，结构域分析对于蛋白质结构的分类和预测有着重要作用。蛋白质序列分析结构域分析工具及数据库蛋白质序列分析工具网址说明InterProScanhttp://www.ebi.ac.uk/InterProScan/蛋白质结构域和功能位点分析SMARThttp://smart.embl-heidelberg.de/蛋白质结构域分析数据库网址说明Pfamhttp://pfam.sanger.ac.uk/蛋白质结构域数据库ProDomhttp://prodom.prabi.fr/prodom/current/html/form.php蛋白质结构域数据库使用SMART（SimpleMolecularArchitectureResearchTool）分析RGDVP8蛋白的结构功能域。两种搜索模式：常规模式和基因组模式在常规模式下粘贴RGDVP8序列，选PFAMdomain蛋白质序列分析预测结果：第1~426位是个高度保守的结构功能域Phytoero_P8，该结构域由多个植物呼肠孤病毒属外层衣壳蛋白P8序列组成，具有结构分子活性蛋白质序列分析点击有几十个motif类，详见：/wiki/Category:Protein_structural_motifs/motif通常由2、3个二级结构单位组成，二级结构一般为α螺旋、β折叠和环(loop)蛋白质序列分析motif作为结构域中的亚单位，表现结构域的各种生物学功能。motif(模体)是序列中局部的保守区域。motif搜索几种motif空间结构图蛋白质序列分析亮氨酸拉链(Leucinezipper)Aleucinezipper,akaleucinescissors,isacommonthree-dimensionalstructuralmotifinproteins.ThesemotifsareusuallyfoundaspartofaDNA-bindingdomaininvarioustranscriptionfactors,andarethereforeinvolvedinregulatinggeneexpression.Leucinezippersarefoundinbotheukaryoticandprokaryoticregulatoryproteins,butaremainlyafeatureofeukaryotes.几种motif空间结构图”蛋白质序列分析螺旋-转角-螺旋(Helix-turn-helix)Inproteins,thehelix-turn-helix(HTH)isamajorstructuralmotifcapableofbindingDNA.Itiscomposedoftwoαhelicesjoinedbyashortstrandofaminoacidsandisfoundinmanyproteinsthatregulategeneexpression锌指(Zincfinger)几种motif空间结构图CartoonrepresentationoftheCys2His2zincfingermotif,consistingofanαhelixandanantiparallelβsheet.Thezincion(green)iscoordinatedbytwohistidineresiduesandtwocysteineresidues蛋白质序列分析几种motif空间结构图蛋白质序列分析罗斯曼折叠(Rossmannfold)TheRossmannfoldisaproteinstructuralmotiffoundinproteinsthatbi