全球蛋白质序列功能的注释.pdf
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蛋白质注释与功能分析.pdf
蛋白质注释及功能分析
利用基因本体 GO (gene ontology )或者其它的功能注释系统（工具）来分析蛋白质的功
能。然后提供蛋白质功能注释的统计分布情况。（如表1 和图 1 所示） 该分析结果可以给
出差异表达蛋白质总体的功能分布，从而使研究人员整体上把握疾病与分子功能之间的相关
性。
Table 1 Protein functional distribution in XXX
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蛋白质功能注释计算方法论文.docx
蛋白质功能注释计算方法论文
摘要：
随着生物信息学的发展，蛋白质功能注释在生物科学研究中扮演着越来越重要的角色。蛋白质功能注释的计算方法研究对于解析蛋白质的生物学功能、预测未知蛋白质的功能具有重要意义。本文旨在综述目前蛋白质功能注释的计算方法，包括序列相似性搜索、机器学习、深度学习等方法，并对各种方法的优缺点进行分析，为研究者提供参考。
关键词：蛋白质功能注释；计算方法；序列相似性搜索；机器学习；深度学习
一、引言
（一）蛋白质功能注释的重要性
1.蛋白质是生物体生命活动的基本物质，其功能的实现对于生物体的生存和发展至关重要。蛋白质功能的注释可以帮助我们理解生物体的生物学过程，揭示疾病的分子
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基于深度学习的蛋白质功能注释论文.docx
基于深度学习的蛋白质功能注释论文
摘要：
本文旨在探讨基于深度学习的蛋白质功能注释方法及其应用。随着生物信息学的发展，蛋白质功能注释成为了理解生物系统功能的关键步骤。深度学习作为一种强大的机器学习技术，在蛋白质功能注释领域展现出巨大潜力。本文首先概述了蛋白质功能注释的背景和重要性，接着详细介绍了深度学习在蛋白质功能注释中的应用，并分析了其优势与挑战。
关键词：蛋白质功能注释；深度学习；生物信息学；机器学习
一、引言
（一）蛋白质功能注释的背景与重要性
1.内容一：蛋白质功能注释的定义
蛋白质功能注释是指识别蛋白质在生物体内所执行的具体生物学功能的过程。这一过程对于理解生物系统的复杂性具有重要意
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蛋白质序列试题.ppt
如线粒体外膜和细菌质膜中的孔蛋白。它可分为 ①胞外区，肽链的N端部分 ②跨膜区； ③胞质区 （三）蛋白质三维结构预测 蛋白质三维结构预测是当前的难点之一 蛋白质的折叠过程仍然不十分明了 两种工作路线 同源性分析：存在一级结构相似性在40%以上的已知结构蛋白质序列的未知蛋白质，同源模建的方法预测其空间结构，但其准确性相对较高， 从头预测：并不存在已知结构蛋白质的同源蛋白，从头预测的方法，其算法还很不成熟，其准确性仍有待改进。 1.SWISS-MODEL同源模建服务器 / 完全自动的蛋白结构同源模建服务器，提供蛋白质三维结构预测服务。 工作模式： 简捷
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蛋白质序列分析.ppt
结构域分析01Motif搜索蛋白质序列分析02二、蛋白质结构域及motif搜索蛋白质序列分析结构域（structuredomain）是在蛋白质三级结构中介于二级和三级结构之间的可以明显区分但又相对独立的折叠单元，每个结构域自身形成紧实的三维结构，可以独立存在或折叠，但结构域与结构域之间关系较为松散。结构域通常由25~300个氨基酸组成，不同蛋白质结构域数目或同一蛋白质结构域相似度差异较大结构域分析常见的结构域主要有5种：全平行结构域反平行结构域α+β结构域α/β结构域其他折叠类型结构域是蛋白质的功能、结构和进化单元，结构域分析对于蛋白质结构的分类和预测有着重要作用。蛋白质序列分析结构域分析工具
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蛋白质序列分析.pptx
蛋白质序列分析
第1页
蛋白质序列分析
教材 Page 84~96 蛋白质序列分析
教材 Page 138~152 生物大分子构造数据浏览（RasMol 软件）
教材 Page 175~184 蛋白质构造同源模建
下次课上机实习
第2页
蛋白质序列分析主要内容
蛋白质序列检索
蛋白质序列比对
蛋白质基本性质分析
蛋白质功能预测
蛋白质构造预测
蛋白质分子进化分析
蛋白质分子设计（例如药品设计）
蛋白质组学分析
数据库 ＋ 软件
第3页
蛋白质序列分析
1、蛋白质序列检索
2、蛋白质序列比对
3、蛋白质基本性质分析
4、蛋白质功能预测
5、蛋白质构造预测
第4页
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蛋白质的功能.ppt
关于蛋白质的功能课件氨基酸的种类不同氨基酸的数目不同氨基酸的排列顺序不同蛋白质的空间结构不同蛋白质结构的多样性蛋白质种类的多样性蛋白质功能的多样性课前回顾蛋白质的结构及其多样性第2页,共13页，2024年2月25日，星期天蛋白质究竟有什么功能？第3页,共13页，2024年2月25日，星期天蛋白质是一切生命的物质基础，许多蛋白质是构成细胞和生物体结构的重要物质，是人体组织更新和修补的主要原料。人体的肌肉、内脏、血液、骨骼以及毛发等，无一不是由蛋白质组成的。人的一生，从出生到死亡，体内大多数脏器和组织细胞都处于不断地新生和不断地破坏状态中，也就是平常说的新陈代谢。而蛋白质正是组织新生和修复所需的原
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蛋白质结构和功能蛋白质结构和功能.doc
蛋白质的结构与功能
内容提要
蛋白质是重要的生物大分子物质，体内分布广，含量丰富，种类繁多。每种蛋白质都有特定的空间构象及生物学功能。
组成蛋白质的基本单位为氨基酸，共20种，除甘氨酸外均为L–α–氨基酸。氨基酸为两性电解质，在溶液的pH等于其pI时氨基酸呈兼性离子。含有共轭双键的色氨酸、酪氨酸在280nm波长附近有最大吸收峰。氨基酸之间通过肽键相连而成肽。肽键是蛋白质分子中的主要共价键也称为主键。小于10个氨基酸组成的肽为寡肽，大于10个氨基酸为多肽，其为链状称为多肽链。多肽链是蛋白质的基本结构，两端分别称为氨基末端（N－末端），羧基末端（C－末端）。
蛋白质的结构分
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蛋白质的功能与进化.ppt
(2)体液免疫由骨髓的多能造血干细胞发育而成的B细胞种类极多，每种B细胞含有一种多个特定的受体(BCR,实际是膜结合的抗体)。抗原与BCR结合后，通过细胞内信号转导系统启动细胞的快速分裂，使细胞大量增殖。增殖后的细胞大部分用来产生可溶性抗体，称作浆细胞，一小部分用来产生膜结合抗体，并长期生存，称记忆细胞。同种抗原再次入侵时，记忆细胞可快速启动免疫系统，疫苗就是根据这一原理设计的。抗体可结合抗原，并使其失活，称中和作用。抗原-抗体复合物可以与吞噬细胞的Fc受体结合，促进吞噬作用，称调理作用。抗原-抗体复合物可以与补体结合，补体使病原体穿孔崩裂，还可促进抗原-抗体复合物与吞噬细胞结合。(3)细胞免
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秋蛋白质结构与功能.ppt
血红蛋白的空间构象变化与结合氧肌红蛋白血红蛋白O2肌红蛋白(Mb)和血红蛋白(Hb)的氧解离曲线协同效应：一个亚基与其配体结合后，能影响其中另一个亚基与配体结合能力的现象。协同效应(cooperativity)正协同效应(positivecooperativity)促进作用负协同效应(negativecooperativity)抑制作用某些小分子物质作用于蛋白质的非活性部位后，使其发生构象变化，从而影响其功能。01变构效应(allostericeffect)02蛋白质构象病（proteinconformationaldiseases）因蛋白质折叠错误或折叠不能导致构象异常变化引起的疾病壹贰蛋白
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1 蛋白质的结构及功能.ppt
（四）蛋白质的紫外吸收 由于蛋白质分子中含有共轭双键的酪氨酸和色氨酸，因此在280nm波长处有特征性吸收峰。蛋白质的OD280与其浓度呈正比关系，因此可作蛋白质定量测定。 （五）蛋白质的呈色反应 ⒈茚三酮反应(ninhydrin reaction) 蛋白质经水解后产生的氨基酸也可发生茚三酮反应。 蓝紫色 ⒉双缩脲反应(biuret reaction) 蛋白质和多肽分子中肽键在稀碱溶液中与硫酸铜共热，呈现紫色或红色，此反应称为双缩脲反应，双缩脲反应可用来检测蛋白质水解程度。 二、蛋白质的分离和纯化 （一）透析及超滤法 * 透析(dialysis)：利用透析袋把大分子蛋白质与小分子化合物分开的
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功能蛋白质组学.pdf
《生物工程进展》1999, . 19, . 4
V o l N o
功能蛋白质组学
李伯良 李 林 吴家睿
( 中国科学院上海生物化学研究所, 20003 1)
平上来认识生命活动的规律。 目前, 美国、澳大
科学背景及意义
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蛋白质结构与功能2.ppt
蛋白质的结构与功能 Structure and Function of Protein 朱利娜 zlnzln126@126.com 南方医科大学基因工程研究所 生物化学与分子生物学教研室 蛋白质的分子组成 蛋白质的分子结构 蛋白质结构与功能的关系 蛋白质的理化性质 蛋白质的分离和纯化 蛋白质的序列分析与结构分析 一级结构是蛋白质空间构象和特异生物学功能的基础，但不是决定蛋白质空间构象的唯一因素。 （一）肌红蛋白与血红蛋白的结构与功能 1. Hb与Mb的比较 Hb与Mb 的相似点： 1. Hb的两个α亚基和两个β亚基的结构与Mb十分相似：都占有70％以上的α-螺旋，肽
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蛋白质结构与功能.ppt
关于蛋白质结构与功能疏水相互作用静电相互作用金属离子配位作用折叠结构链间氫健螺旋结构链内氫健二硫健侧链之间氫健稳定蛋白质三级结构的主要作用力第2页,共31页，2024年2月25日，星期天4.9变性剂可引起蛋白质去折叠环境的变化或是化学处理都会引起蛋白质天然构象的破坏，并伴随着生物活性的丧失，这一过程称之蛋白质变性。变性剂天然蛋白天然蛋白天然蛋白去污剂尿素变性蛋白变性蛋白尿素盐酸胍第3页,共31页，2024年2月25日，星期天核糖核酸酶A变性，酶的三级结构和活性完全丧失，生成含有8个巯基的多肽链。加脲和巯基乙醇去除脲和巯基乙醇，又恢复到天然状态核糖核酸酶A变性和复性第4页,共31页，2024年2
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蛋白质功能特性.ppt
蛋白质功能特性;一、蛋白质的水合性质（溶解性、黏度）;1、溶解性;;影响蛋白质的溶解性因素;;;3、蛋白质水合性质的测定;;二、蛋白质的表面性质（乳化、气泡）;1、蛋白质的乳化特性;;（1）乳化容量;（2）乳状液的稳定性;（3）乳化活性指数;乳化的影响因素;2、蛋白质的起泡性质;1、 测蛋白质起泡能力方法;2、测泡沫稳定性的方法;;三、与蛋白质分子之间的相互作用有关的性质（蛋白质的织构化、面团的形成、蛋白质的胶凝作用）;1、蛋白质的织构化;;（1）热凝固和薄膜形成（thermal coagulationand film formation）; （2）纤维形成（fiber formation）;