第三篇 序列特征分析.pptx

第二章(续) 多序列比对;Clustal Omega/ClustalX的使用 ;;;;;;;第三章 序列特征分析;第一节 基本概念;原核生物基因结构：;操纵子模型结构;真核生物基因结构：;二、蛋白质结构;蛋白质的一级结构;蛋白质的二级结构;蛋白质空间结构; 对DNA序列和蛋白质序列进行序列特征分析，能够使我们从分子层次上了解基因的结构特点，了解与基因表达调控相关的信息，了解DNA序列与蛋白质序列之间的编码，了解蛋白质序列与蛋白质空间结构之间的关系和规律，为进一步研究了解蛋白质功能与蛋白质结构之间的关系提供理论依据。 ;第二节 DNA序列特征分析;;一、开放阅读框ORF—open reading frame;真核生物的开放阅读框;利用GENSCAN识别基因开放阅读框;GENSCAN在线操作页面;用GENSCAN预测AC002390序列的基因/外显子 ;用GENSCAN预测AC002390序列的基因/外显子的位置图 ;二、CpG岛— —CpG islands;利用CpGPlot预测分析CpG岛 ;CpGPlot在线操作页面;用CpGplot预测AC002390序列的CpG岛的结果 ;用CpGReport预测AC002390序列的CpG岛的结果 ;三、转录终止信号;真核生物前体mRNA3端的多聚腺苷酸化包括两个步骤：;利用POLYAH预测分析转录终止信号 ;POLYAH在线页面;用POLYAH预测AC002390序列的转录终止信号的结果 ;四、启动子—promoters;利用PromoterScan预测分析启动子区域 ;PromoterScan在线网页;用PromoterScan预测AC002390序列的启动子区域的结果 ;第三节 蛋白质序列特征分析; 目前，一种基本认可的假设是：蛋白质的空间结构由蛋白质序列所决定，即我们可以根据蛋白质序列预测蛋白质结构，这是第二遗传密码的问题，也是一个更为复杂的问题，因为蛋白质序列和蛋白质空间结构之间的关系要比DNA序列和蛋白质序列之间的关系复杂得多。因此我们需要分析大量的数据，从中找出蛋白质序列和蛋白质结构间存在的关系和规律。;;一、蛋白质的理化性质 ;利用ProtParam分析蛋白质的理化性质;ProtParam在线页面;用ProtParam分析G00016序列理化性质的结果 ;二、蛋白质的亲水性或疏水性;蛋白质的亲水性或疏水性;利用ProtScale分析蛋白质的亲水性或疏水性 ;ProtScale在线页面;用ProtScale分析P02699序列疏水性结果的图形显示 ;三、蛋白质的跨膜区;蛋白质的跨膜区;利用TMpred分析??白质的跨膜区 ;TMpred在线网页;用TMpred分析P51684序列所得到的可能的7个跨膜螺旋区 ;用TMpred分析P51684序列所得到的7个可能的跨膜螺旋区的相关性列表 ;用TMpred分析P51684序列所得到的7个可能的跨膜螺旋区的建议的跨膜拓扑模型 ;用TMpred分析P51684序列所得到的7个可能的跨膜螺旋区的图形显示结果 ;四、信号肽—signal peptide;蛋白质的前导肽—leader Peptide;利用SignalP分析蛋白质的前导肽 ;SignalP在线网页;用SignalP（神经网络方法）分析P05019序列前导肽的结果 ;五、蛋白质的卷曲螺旋—coiled-coil;利用COILS分析蛋白质的卷曲螺旋 ;COILS在线网页;用COILS分析GO45_HUMAN卷曲螺旋的图形显示结果 ;用COILS分析GO45_HUMAN卷曲螺旋的文本显示结果 ;第四节 序列综合分析软件包;一、Vector NTI软件包 ; Vector NTI主要功能;;二、DNAstar软件包 ; 三、Omiga 2.0软件包;Omiga2.0的主要功能 ;小结