美国国家生物科技信息中心数据库资源doc.doc

Nucleic Acids Research, 2001, vol.29, No.1 11-16 Database resources of the National Center for Biotechnology Information David L. Wheeler*, Deanna M. Church, Alex E. Lash, Detlef D. Leipe, Thomas L. Madden, Joan U. Pontius, Gregory D. Schuler, Lynn M. Schriml, Tatiana A. Tatusova, Lukas Wagner and Barbara A. Rapp National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine, National Institutes of Health, Building?38A, 8600 Rockville Pike, Bethesda, MD 20894, USA Received October 3, 2000; Accepted October 4, 2000. 美国国家生物科技信息中心数据库资源 [文摘]： 美国国家生物科技信息学中心(NCBI)除维护核酸序列数据库（GenBank）外，还能提供链接于NCBI网站的其他多种生物数据库的检索和分析服务。NCBI 数据检索资源包括 Entrez ， PubMed ， LocusLink 和Taxonomy Brower。数据分析资源包括BLAST, Electronic PCR, OrfFinder, RefSeq, UniGene, HomoloGene, Database of Single Nucleotide Polymorphisms (dbSNP), Human Genome Sequencing, Human MapViewer, GeneMap’99, Human–Mouse Homology Map, Cancer Chromosome Aberration Project (CCAP), Entrez Genomes, Clusters of Orthologous Groups (COGs) database, Retroviral Genotyping Tools, Cancer Genome Anatomy Project (CGAP), SAGEmap, Gene Expression Omnibus (GEO), Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM), the Molecular Modeling Database (MMDB) and the Conserved Domain Database (CDD).为了使专业数据的检索更加便捷，BLAST兼容多种数据格式。NCBI 首页为: http:// /. [前言]： 1988 年，美国国家卫生局鉴于分子生物学信息系统的发展，成立了国家生物科技信息中心（NCBI）。核酸序列数据库中数据直接来自各科学研究机构。除了维护核酸序列库GenBank（1）外， NCBI还提供了其他数据检索系统，通过它可以共享GenBank 以外的多种生物网络资源。从NCBIs 的首页 (http:// /) 检索到的数据包括短的特征性序列乃至已完成的基因组、蛋白质结构以及遗传疾病的临床描述等。NCBI 还提供了一系列网络资源来帮助每一类型的数据分析。本文中将NCBI的数据库资源细分成七个方面:数据库检索系统,数据相似性检索系统, 基因水平序列分析资源,染色体分析资源, 基因组规模的分析资源, 基因表达及表型分析资源, 蛋白质结构和模建资源。这些资源的概略摘要请见表一。 一、数据库检索工具(Datebase Retrieval Tools) Entrez（/entrez/） Entrez(2) 是一个集成的检索工具。通过NCBI分类目录，可以检索到DNA和蛋白质序列、基因组图谱、数量性状、MMDB中的蛋白质结构、 PubMed 和 （OMIM）(3) 中的生物医学信息。Entrez可查询的蛋白数据较GenBank蛋白数据库多， [ 包括 GenBank 蛋白质翻译信息, Protein Identification Resource (4), SWISS-PROT蛋白数据库 (5), Protein Research Foundation, Protein Data Bank (6) and RefSeq (7)GenBank ]。 PubMed 可查询1070万条文