第三讲：Uniprot蛋白数据库与其他蛋白质分析工具.pdf

第三讲 Uniprot蛋白数据库及其他蛋白质 分析工具 2013/03/19 Uniprot数据库 • Uniprot （Universal protein resource)是蛋白 质序列的联合数据库。 – SIB: Swiss Institute of Bioinformatics – EBI: European Bioinformatics Institute – PIR: Protein Information Resource – 2002年三家联合形成了Uniprot Swiss‐Prot • 1986年建立 • 低冗余度 • 功能导向 • 由Swiss Institute of Bioinformatics 和EBI共同 建立并维护 TrEMBL • TrEMBL=Translation from EMBL • EBI建立并维护 • 是一个自动数据库 • 冗余度高，可信度低 UniprotKB • 部分经过专家注释的数据库 • 具有很高的可信度 • 包括两部分UniprotKB/Swiss‐Prot和 UniprotKB/TrEMBL • UniprotKB/Swiss‐Prot包括539,165条序列 • UniprotKB/TrEMBL包括29,769,971 条序列 • 具有非冗余性 Uniparc • 非冗余性 • 给予序列的特异性，非同一物种的相同序 列被认为是同一个蛋白质 • 每一条序列被給予一个特异的编号 Uniparc • INSDC EMBL‐Bank/DDBJ/GenBank nucleotide sequence databases • Ensembl • European Patent Office (EPO) • FlyBase • H‐Invitational Database (H‐Inv) • International Protein Index (IPI) • Japan Patent Office (JPO) • Protein Information Resource (PIR‐PSD) • Protein Data Bank (PDB) • Protein Research Foundation (PRF) RefSeq • Saccharomyces Genome Database (SGD) • The Arabidopsis Information Resource (TAIR) • TROME  • US Patent Office (USPTO) • UniProtKB/Swiss‐Prot, UniProtKB/Swiss‐Prot protein isoforms, UniProtKB/TrEMBL • Vertebrate and Genome Annotation Database (VEGA) • WormBase UniRef • 包括UniRef100，UniRef90和UniRef50 • 分别包括了相似度为100%，90%和50%的序 列的总和 UniMES • UniMES是metagenomics和环境生物学的序 列数据库 • 其中的数据可能是未知的 • UniMES提供UniRef类似的聚类功能 Uniprot的应用 • 在质谱领域有广泛的应用 – 因为其序列的非