草类基因表达谱与小RNA测序的联合性状分析研究.docx

草类基因表达谱与小RNA测序的联合性状分析研究

目录

草类基因表达谱与小RNA测序的联合性状分析研究（1）．．．．．．．．．．．4

内容概要．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.1研究背景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.2研究目的和意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5

1.3国内外研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

研究材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

2.1样本采集与处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8

2.2草类基因表达谱分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8

2.2.1样本RNA提取．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9

2.2.2cDNA合成与文库构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10

2.2.3高通量测序与数据分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10

2.3小RNA测序．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

2.3.1小RNA提取与纯化．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13

2.3.2小RNA测序与数据分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13

2.4联合性状分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14

2.4.1表达量差异分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15

2.4.2小RNA功能注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16

2.4.3基因功能预测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17

结果与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18

3.1草类基因表达谱分析结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19

3.1.1基因表达水平分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19

3.1.2基因功能分类．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20

3.1.3基因共表达网络分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21

3.2小RNA测序结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22

3.2.1小RNA种类与分布．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23

3.2.2小RNA靶基因预测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24

3.2.3小RNA调控网络分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25

3.3联合性状分析结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26

3.3.1基因表达与表型相关性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26

3.3.2小RNA调控与表型相关性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27

3.3.3联合性状对草类生长与发育的影响．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28

草类基因表达谱与小RNA测序的联合性状分析研究（2）．．．．．．．．．．30

一、内容概要．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30

研究背景及意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30

研究目的与任务．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31

二、研究方法与实验设计．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32

研究材料准备．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32

1.1样本选择及来源．．．．．．．．．．．．．．．．