《生物信息数据处理》上机实验指导.doc

《生物信息数据处理》上机实验指导 适用专业：生物信息学 生物与制药大类 编写：解增言 生物信息学院 2014年4月 课程说明 一、课程名称：生物信息数据处理 二、总课时数：64 学时（理论48学时，实验16学时） 三、先修课程：计算机基础 四、课程教材： 理论部分：孟庆昌. Linux教程（第3版）. 北京：电子工业出版社，2011 实验部分：解增言. 生物信息数据处理上机实验指导. 2014 五、上机实验要求： 本课程的上机实验要求： （1）掌握Linux系统的基本操作和VI编辑器的使用； （2）了解Linux环境下Perl语言的编写，C语言的编写、编译及运行方法； （3）掌握Shell编程的基本语法； （4）掌握命令历史、环境变量、管道、重定向的概念及使用方法； （5）能较熟练地运用Linux命令和Shell脚本程序处理生物数据。 六、考核方式： 平时成绩（考勤、平时表现等）：50% 实验报告：50% 目录 实验1：Linux常用命令练习（1） 3 实验2：Linux常用命令练习（2） 11 实验3：vi编辑器练习 16 实验4：Shell程序设计基础（1） 22 实验5：Shell程序设计基础（2） 26 实验6：Shell程序设计基础（3） 29 实验7：Shell程序开发（1）：gff文件处理程序 37 实验8：Shell程序开发（2）：pubmed文献批量下载程序 39 实验1：Linux常用命令练习（1） 一、实验目的 1. 掌握Linux登录、退出方法； 2. 掌握常用Linux文件操作和目录操作命令； 二、实验环境 1. 操作系统：客户端Windows，服务器端Linux 2. 主要软件：putty 三、实验原理 1. 文件内容查看 （1）cat [功能] 显示文件内容 [命令格式] cat [option] [file] [常用选项] [其它用法] 新建文件：$cat EOF file 合并文件：$cat file1 file2 file3 管道用法：$cat file |sort （2）zcat [功能] 显示压缩文件内容 [命令格式] zcat [option] [file] [常用选项] （3） 显示文件尾部内容 [命令格式] tail [option] [file] [常用选项] -n number或-number：显示最后number行 （5）more [功能] 分页显示文件内容 [命令格式] more [option] [file] [常用选项] （6）less [功能] 分页显示文件内容（功能比more强大） [命令格式] less [option] [file] [使用技巧] ①搜索 当使用命令 less file-name 打开一个文件后，可以使用下面的方式在文件中搜索。搜索时整个文本中匹配的部分会被高亮显示。? 向前搜索 / - 使用一个模式进行搜索，并定位到下一个匹配的文本 n - 向前查找下一个匹配的文本 N - 向后查找前一个匹配的文本? 向后搜索 ? - 使用模式进行搜索，并定位到前一个匹配的文本 n - 向后查找下一个匹配的文本 N - 向前查找前一个匹配的文本? ②全屏导航 ctrl + F - 向前移动一屏 ctrl + B - 向后移动一屏 ctrl + D - 向前移动半屏 ctrl + U - 向后移动半屏? ③单行导航 j - 向前移动一行 k - 向后移动一行? ④其它导航 G - 移动到最后一行 g - 移动到第一行 q / ZZ - 退出 less 命令⑤其它有用的命令 v - 使用配置的编辑器编辑当前文件 h - 显示 less 的帮助文档 pattern - 仅显示匹配模式的行，而不是整个文件mv [option] source_file target_file [常用选项] -f：如果目标文件已存在，不提示直接覆盖 -i：覆盖之前提示 （3）rm [功能] 删除文件或目录 [命令格式] rm [option] file rm –r directory [常用选项] -f：如果目标文件已存在，不提示直接覆盖 -i：覆盖之前提示 -r：删除目录及其中的内容 （4）ln [功能] 建立连接 [命令格式] ln [option] file link [常用选项] -s：建立软连接 （5）touch [功能] 修改文件或目录的时间戳 [命令格式] touch [option] file [常用选项] -t stamp：使用时间（格式[[CC]YY]MMDDhhmm[.ss]）代替当前时间戳 [其它用法] 生成新的空文件（touch后面的文件不存在的话） （6）chown [功能] 修改文件或