L02HBx细胞长链非编码RNA的表达谱分析及初步生物信息学研究的开题报告.docx

L02HBx细胞长链非编码RNA的表达谱分析及初步生物信息学研究的开题报告

研究背景和意义

长链非编码RNA（lncRNA）是一类长度超过200nt且不具有蛋白质编码能力的RNA分子，它们在调控基因表达、剪接、转录、翻译等多个生物学过程中发挥着关键作用，并被证明与多种疾病的发生和发展密切相关。L02HBx细胞是人肝细胞中表达HBx的L02细胞系，该细胞系广泛应用于病毒学、肿瘤学等多个领域的研究中，但目前尚未对其lncRNA表达谱进行深入的研究。因此，对L02HBx细胞的lncRNA表达谱进行分析，有助于深入了解lncRNA在肝癌发生发展中的作用机制，为肝癌的临床治疗提供新的治疗靶点和策略。

研究内容和方法

本研究将采用高通量测序技术分析L02HBx细胞的全基因组lncRNA表达谱，并通过生物信息学方法对测序结果进行初步分析。具体步骤如下：

1.细胞培养和提取RNA：采用常规培养条件培养L02HBx细胞，并使用Trizol试剂提取总RNA。

2.lncRNA测序：使用IlluminaHiSeq平台对L02HBx细胞的总RNA进行高通量测序，获取其lncRNA表达谱。

3.基因差异表达分析：将测序数据进行质量控制，参考人类基因组序列hg19进行比对，使用R包edgeR计算lncRNA的表达量，对L02和L02HBx细胞间差异表达的lncRNA进行筛选和分析。

4.lncRNA功能和通路富集分析：使用生物信息学方法对差异表达的lncRNA进行功能和通路富集分析，寻找其在肝癌发生和发展中的可能作用通路和靶点。

预期结果

通过本研究，我们可以获得L02HBx细胞的lncRNA表达谱，鉴定并筛选差异表达的lncRNA，进一步探究其在肝癌发生发展中的作用机制，并为肝癌治疗提供新的治疗靶点和策略。