进化树课件.ppt
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Liaoning University Bioinformatics Liaoning University Bioinformatics bioinformatics 系统发育树 张力 什么是系统发育进化树? 系统发育进化树(Phylogenetic tree)是用一种类似树状分支的图形来概括各种生物间的亲缘关系。 系统发育树的主要构成 节点(node):每个节点表示一个分类单元(属、种群)。 进化分支(clade):由同一生物进化而来的单一进化系统群。 进化树的结构 系统发育进化树示例 进化拓扑结构: 进化树中不同枝的拓扑图形。 根:所有分类的共同祖先。 结点:表示一个分类单元。 进化支:两种以上生物(DNA序列)及其祖先组成的树枝。 进化分支:进化关系的图形表示 进化分支长度: 用数值表示的进化枝的变化程度(遗传距离) 距离标尺: 生物体或序列之间差异的的 数字 尺度。 外群: 与分析序列相关的生物序列且具有较远的亲缘关系 人 猩猩 狒狒 外 群 分支 长度 根 进化支 结 点 距离标尺 一个单位 结点 进化树构建步骤 多序列比对 选择建树方法 建立进化树 进化树评估 实例: 建立上一节中未知蛋白和BLAST搜索获得的与之序列相似的Thioredoxin的进化树 多序列比对 将未知蛋白的氨基酸序列和BLAST搜索下载到的Thioredoxin序列合并为一个FASTA文件 使用MEGA打开此文件,使用ClustalW进行多序列比对。(方法参照多序列比对章节) 构建进化树 点击Data,Phylogenetic Analysis 然后回到程序主界面,点击Analysis, Phelogeny,选择构建进化树的方法,这里我们使用N-J法构建进化树,选择第二个选项。 构建进化树 按照右图修改参数 其中Test of Phylogeny代表的是评估进化树可信度的方法,这里选择Bootstrap metod,一般设置重复次数1000次 设置完成后点击Compute 建树参数的设置 点击这里可以将进化树保存到word里 人 猩猩 狨 猕猴 家兔 野猪 马 牛 羊 兔 小鼠 斑点叉尾鮰 鸡 眼镜王蛇 人 小鼠 兔 兔 果蝇 Thioredoxin Thioredoxin domain-containing protein 2 Thioredoxin domain-containing protein 8 课堂练习 1. 使用BLAST搜索酵母(Saccharomyces cerevisiae)Hexokinase 1(P04806)的同源蛋白,找出与酵母Hexokinase 1相似度最高的蛋白。(使用blastp软件搜索swissprot数据库) 2. 下载40个与酵母Hexokinase 1相似性较高的蛋白的序列,和一个相似性低的Hexokinase的序列(作为外群)。以这42个蛋白质序列建立进化树(使用N-J法),观察各序列的来源物种在进化树中的关系。 基因、增强子、沉默子、各种调控元件等 各种功能元件具体的功能,基因的功能 Liaoning University Bioinformatics Liaoning University Bioinformatics 基因、增强子、沉默子、各种调控元件等 各种功能元件具体的功能,基因的功能
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