进化树课件.ppt

Liaoning University Bioinformatics Liaoning University Bioinformatics bioinformatics 系统发育树 张力 什么是系统发育进化树？ 系统发育进化树（Phylogenetic tree）是用一种类似树状分支的图形来概括各种生物间的亲缘关系。 系统发育树的主要构成 节点（node）：每个节点表示一个分类单元（属、种群）。 进化分支（clade）：由同一生物进化而来的单一进化系统群。 进化树的结构 系统发育进化树示例 进化拓扑结构： 进化树中不同枝的拓扑图形。 根：所有分类的共同祖先。 结点：表示一个分类单元。 进化支：两种以上生物（DNA序列）及其祖先组成的树枝。 进化分支：进化关系的图形表示 进化分支长度： 用数值表示的进化枝的变化程度（遗传距离） 距离标尺： 生物体或序列之间差异的的 数字 尺度。 外群： 与分析序列相关的生物序列且具有较远的亲缘关系 人 猩猩 狒狒 外 群 分支 长度 根 进化支 结 点 距离标尺 一个单位 结点 进化树构建步骤 多序列比对 选择建树方法 建立进化树 进化树评估 实例： 建立上一节中未知蛋白和BLAST搜索获得的与之序列相似的Thioredoxin的进化树 多序列比对 将未知蛋白的氨基酸序列和BLAST搜索下载到的Thioredoxin序列合并为一个FASTA文件 使用MEGA打开此文件，使用ClustalW进行多序列比对。（方法参照多序列比对章节） 构建进化树 点击Data，Phylogenetic Analysis 然后回到程序主界面，点击Analysis, Phelogeny,选择构建进化树的方法，这里我们使用N-J法构建进化树，选择第二个选项。 构建进化树 按照右图修改参数 其中Test of Phylogeny代表的是评估进化树可信度的方法，这里选择Bootstrap metod，一般设置重复次数1000次 设置完成后点击Compute 建树参数的设置 点击这里可以将进化树保存到word里 人 猩猩 狨 猕猴 家兔 野猪 马 牛 羊 兔 小鼠 斑点叉尾鮰 鸡 眼镜王蛇 人 小鼠 兔 兔 果蝇 Thioredoxin Thioredoxin domain-containing protein 2 Thioredoxin domain-containing protein 8 课堂练习 1. 使用BLAST搜索酵母（Saccharomyces cerevisiae）Hexokinase 1(P04806)的同源蛋白，找出与酵母Hexokinase 1相似度最高的蛋白。（使用blastp软件搜索swissprot数据库） 2. 下载40个与酵母Hexokinase 1相似性较高的蛋白的序列，和一个相似性低的Hexokinase的序列（作为外群）。以这42个蛋白质序列建立进化树（使用N-J法），观察各序列的来源物种在进化树中的关系。 基因、增强子、沉默子、各种调控元件等 各种功能元件具体的功能，基因的功能 Liaoning University Bioinformatics Liaoning University Bioinformatics 基因、增强子、沉默子、各种调控元件等 各种功能元件具体的功能，基因的功能