怎样使用MEGA建立进化树.pdf

用MEGA构建进化树.docx 如何用MEGＡ构建进化树 MEGA3、1就就是一个关于序列分析以及比较统计得工具包,其中包括有距离建树法和MP建树法;可自动或手动进行序列比对,推断进化树,估算分子进化率,进行进化假设测验,还能联机得Wｅb数据库检索。下载后可直接使用,主要包括几个方面得功能软件:ｉ)DNA和蛋白质序列数据得分析软件。ii)序列数据转变成距离数据后,对距离数据分析得软件。iiｉ)对基因频率和连续得元素分析得软件。iv)把序列得每个碱基/氨基酸独立看待(碱基/氨基酸只有０和1得状态)时,对序列进行分析得软件。v)绘制和修改进化树得软件,进行网上ｂlaｓt搜索。用ＭEGＡ构建进化树有以下步骤: 1、16SｒDNA

2025-05-09 约4.03千字 18页立即下载

Clustalx进化树使用.ppt Clustalx的使用多种软件构建发育树 Clustal Mega Phylip等序列相似性比较和序列同源性分析序列相似性比较：就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包有BLAST、FASTA等；序列同源性分析：是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序包有CLUSTAL等； BLAS

2017-11-21 约1.62千字 30页立即下载

常见的mega操作过程-多序列比对、进化树、.ppt 基础生物信息学及应用王兴平内容：多序列比对多序列比对程序及应用第一节、多序列比对（Multiple sequence alignment）概念多序列比对的意义多序列比对的打分函数多序列比对的方法 1、概念多序列比对（Multiple sequence alignment） align multiple related sequences to achieve optimal matching of the sequences. 为了便于描述，对多序列比对过程可以给出下面的定义：把多序列比对看作一张二维表，表中每一行代表一个序列，每一列代表一个残基的位置。将序列依照下列规则

2018-11-01 约3.26万字 173页立即下载

构建进化树的软件使用综述.doc 建Mega相phylip首先是要用比seeqboot产生bootsrap的序列，然后用prodist（假如是核dnadist），然后用neighbor,然后用consense得到最phylip的phylip官方由一bug修perl的bug。。。 PHYLIP、PUZZLE、PAUP、TREEVIEW、CLUSTALX和PHYLO-WIN（LINUX）。在介绍软件之前，我先简要地叙述一下有关进化树分析的一些方法学问题。 进化树也称种系树，英文名叫“Phyligenetic tree”。对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤：⑴ 要对所分析的多序列目标进行排列（To align sequen

2017-11-24 约4.44千字 10页立即下载

NCBI资源的使用及进化树的构建.ppt 序列搜索，比对以及进化树的构建 NCBI (National Center for Biotechnology Information ) 美国国立生物技术信息中心 NCBI负责管理GenBank。 GenBank是美国国立卫生研究院维护的基因序列数据库，汇集并注释了所有公开的核酸序列。 GenBank与日本DNA数据库（DNA Data Bank of Japan, DDBJ）以及欧洲生物信息研究所的欧洲分子生物学实验室核苷酸数据库（European Molecular Biology Laboratory, EMBL），所有这3个中心都可以独立地接受数据提交，而3个中心之间则

2017-05-18 约3.84千字 48页立即下载

软件工具figtree进化树使用说明-agonyr.pdf #软件工具#FigTree--进化树编辑工具使用说明 Agonyr FigTree是我非常喜欢一款进化树编辑美化软件。地址：

2025-05-20 约2.71千字 5页立即下载

多序列比对、进化树、课件.ppt 基础生物信息学及应用王兴平内容：多序列比对多序列比对程序及应用第一节、多序列比对（Multiple sequence alignment）概念多序列比对的意义多序列比对的打分函数多序列比对的方法 1、概念多序列比对（Multiple sequence alignment） align multiple related sequences to achieve optimal matching of the sequences. 为了便于描述，对多序列比对过程可以给出下面的定义：把多序列比对看作一张二维表，表中每一行代表一个序列，每一列代表一个残基的位置。将序列依照下列规则

2017-03-07 约3.26万字 10页立即下载

进化树的构建[整理版].pdf 0 烦请各位看看，有没有什么大的问题，请直接贴上你的意见和建议，我会尽快修改。主要是针对初学者，写得尽量简单一些。谢谢！ phylogentics_lylover.doc(73.0k) 0 lz还真勤劳,一个字:顶 0 Amazing! Thankyouforyourhardwork! 0 oldfish的批评意见也一并上传。写得不错。呵呵 phylogentics_lylover_with_comments.doc(105.5k) 0 晕，出丑了...改过来了。谢谢再贴一个来自yzwpf的批评意见。写得很不错。 NJ,ML,Bayes均需要选择模型，对PAUP和MrBayes而言，Mo

2024-12-17 约1.01万字 5页立即下载

进化树课件.ppt Liaoning University Bioinformatics Liaoning University Bioinformatics bioinformatics 系统发育树张力什么是系统发育进化树？系统发育进化树（Phylogenetic tree）是用一种类似树状分支的图形来概括各种生物间的亲缘关系。系统发育树的主要构成节点（node）：每个节点表示一个分类单元（属、种群）。进化分支（clade）：由同一生物进化而来的单一进化系统群。 进化树的结构系统发育进化树示例进化拓扑结构： 进化树中不同枝的拓扑图形。

2017-03-12 约1.45千字 12页立即下载

动物系统进化树`3.doc 动物的主要类群教学目标：通过认识动物系统进化树，了解不同动物类群之间的亲缘关系；通过“对某些动物进行分类”等各种活动，认识无脊椎动物主要类群的常见种类和特征，认识脊椎动物与人类的密切关系；认识脊椎动物主要类群的常见种类和特征。通过参与“将下列动物进行分类”、“观察昆虫标本”等学习活动，增强观察能力、思维能力、分析问题能力等通过对不同类群动物的对比学习，强化生物进化的观点；体会动物种类的多样性；通过对不同类群动物与人类的关系的学习，进一步强化热爱动物、保护动物的情感。教学重难点活动“将下列动物进行分类”、“观察昆虫标本” 无脊椎动物的类群及特征脊椎动物的类群及特征不同动物类群与人

2018-12-06 约8.67千字 4页立即下载

mega5进化树构建.docx 图文详解MEGA?5构建系统发育树1．准备序列文件准备fasta格式序列文件（fasta格式：大于号后紧跟序列名，换行后是序列。举例如下）。每条序列可以单独为一个文件，也可以把所有序列放在同一文件内。核酸序列：sequence1_nameCCTGGCTCAGGATGAACGCT氨基酸序列：sequence2_nameMQSPINSFKKALAEGRTQIGF2．多序列比对打开MEGA 5，点击Align，选择Edit/Build Alignment，选择Create a new alignment，点击OK。??→??这时需要选择序列类型，核酸（DNA）或氨基酸（Protein）。?选择之

2017-05-19 约1.65千字 10页立即下载

系统进化树的制作.pptx 打开ClustalX进行完全比对由于后面无法用aln格式转化的meg格式打开，所以此改用fasta格式保存并命名为cob2选择此项可打开比对过的文件选择邻接法（NJ法）构建系统发育树设置Bootstrap值为100设置Gap处理为两两删除设置模型为Kimura-2-Parameter此为原始的树此为经过Bootstrap计算的树并选择左边图标Place Root on Branch选择NC 006081为外群树上的数字代表自展支持率，支持率越高就代表属于这一支的可能性越高，图上属于同一支的即代表在进化上相对较近。外群此为树根，即所有物种最近共同祖先选择最大简约法（MP法）构建系统发育树设置Bo

2019-04-27 约小于1千字 36页立即下载

MEGA的使用.PDF Caas08s3 张志想王升正周建桥钟增明 MEGA 的使用产生背景及简介随着不同物种基因组测序的快速发展，产生了大量的 DNA 序列信息，这时就需要一种简便而快速的统计分析工具来对这些数据进行有效的分析，以提取其中包含的大量信息。MEGA 就是基于这种需求开发的。MEGA 软件的目的就是提供一个以进化的角度从 DNA 和蛋白序列中提取有用的信息的工具，并且，此软件

2017-05-30 约字 21页立即下载

MEGA中文使用说明.docx 产生背景及简介随着不同物种基因组测序的快速发展，产生了大量的DNA?序列信息，这时就需要一种简便而快速的统计分析工具来对这些数据进行有效的分析，以提取其中包含的大量信息。MEGA?就是基于这种需求开发的。MEGA 软件的目的就是提供一个以进化的角度从DNA 和蛋白序列中提取有用的信息的工具，并且，此软件可以免费下载使用。现在我们使用的是 MEGA4 的版本。它主要集中于进化分析获得的综合的序列信息。使用它我们可以编辑序列数据、序列比对、构建系统发育树、推测物种间的进化距离等。此软件的输出结果资源管理器允许用户浏览、编辑、打印输入所得到的结果而且所得到的结果具有不同形式的可视化效果。此外，该软件

2018-05-22 约8.68千字 28页立即下载

2025-01-27 约4.05万字 61页立即下载