生物信息学在基因组数据分析中的应用.docx

生物信息学在基因组数据分析中的应用

目录

内容简述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.1生物信息学的定义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.2基因组数据分析的重要性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.3生物信息学在基因组数据分析中的应用背景．．．．．．．．．．．．．．．．．5

基因组数据分析的基本概念．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

2.1基因组．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

2.2基因组测序技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8

2.3基因组数据分析流程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9

生物信息学在基因组数据分析中的应用方法．．．．．．．．．．．．．．．．．10

3.1数据预处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

3.1.1质量控制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12

3.1.2数据清洗．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13

3.2基因识别与注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14

3.2.1基因预测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14

3.2.2基因功能注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15

3.3基因表达分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17

3.3.1微阵列数据分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17

3.3.2RNA测序数据分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18

3.4基因调控网络分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19

3.4.1调控网络构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20

3.4.2调控网络功能预测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21

3.5基因变异分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22

3.5.1单核苷酸多态性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23

3.5.2基因拷贝数变异分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24

生物信息学在基因组数据分析中的工具与软件．．．．．．．．．．．．．．．26

4.1常用生物信息学数据库．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27

4.1.1基因组数据库．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28

4.1.2蛋白质数据库．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28

4.2基因组数据分析软件．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29

4.2.1数据预处理工具．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30

4.2.2基因识别与注释工具．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31

4.2.3基因表达分析工具．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32

4.2.4基因调控网络分析工具．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33

4.2.5基因变异分析工具．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34

生物信息学在基因组数据分析中的案例研究．．．．．．．．．．．．．．．．．35

5.1案例一．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36

5.2案例二．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36

5.3案例三．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．