生命科学与技术学院系授课计划表.doc

生 物 系 课 程 教 学 进 度 表 课程名称：生物信息学 任课教师： 杨建 教学班：09生物技术1 学期： 11-12年春季学期 进度 周次 时 间 年 月 日—年 月 日 课时 教学内容 （章节） 执行情况 1 2012.2.27-3.4 2 第一章 绪论 （1）生物信息学基因组序列数据遗传变异数据转录组基因表达谱EST、生物信息学数据的采集 第三章 分子生物学数据库 （1）生物学数据库概述核苷酸序列基因组数据库GDBMGD、ECDC、NRSub （6）核酸二级数据库 （7）蛋白质二级数据库 4 3.19-3.25 4 第四章 序列对齐和数据库检索 （1）序列比对相关的基本概念，序列相似性的评价方法，最优比对的确定—动态规划方法，比对结果的显著性分析； （2）相似序列的启发式搜索—BLAST算法原理，BLAST 软件系列的使用，FASTA算法，多序列比对技术； 实验一 分子生物学数据库的使用 5 3.26-4.1 2 第四章 序列对齐和数据库检索 （2）相似序列的启发式搜索—BLAST算法原理，BLAST 软件系列的使用，FASTA算法，多序列比对技术； （3）GenBank的序列检索流程。 6 4.2-4.8 4 第五章 系统发育分析及相关软件使用 （1）分子系统学（或分子进化）的有关概念和理论； （2）系统发育模型的组成、建立与分析； （3）建立分子进化树的方法与评估； 实验实验多肽理化性质计算与预测多肽分子量、等电点、电荷分布和酶切特征多肽亲水性/疏水性分析与制图多肽抗原位点分析蛋白质家族与蛋白质分类蛋白质家族与超家族蛋白质分类的方法）第章 蛋白质序列分析与结构预测蛋白质结构预测与设计实验）DNA碱基组成密码子指纹与密码子使用偏好性分析实验DNA序列分析工具介绍（本地和远程在线工具）。 14 5.28-6.3 4 第九章 生物信息学资源、平台及其综合应用 （1）Windows环境下的生物信息学软件（前面章节所有软件小结和常用重要综合性生物信息学软件使用方法，如DNAStar、OMIGA, VectorNT suite, DNAMAN等），PCR引物和寡核苷酸探针设计(OLIGO6和PRIMER PREMIER 软件使用)，遗传连锁的分析软件使用； （2）Linux/Unix环境下的生物信息学软件，Macintosh环境下的生物信息学软件； （3）一些通用的计算、统计和分析类软件介绍（如Matlab、SPSS等）； 实验实验Microarray基因表达数据分析