生物信息学2-蛋白质分析.ppt

蛋白质分析;认识蛋白质的四个视角;视角1：蛋白质家族;视角1：蛋白质家族;;;多结构域蛋白的分析;寻找指纹-Prosite;检索结果：读取pattern;[LIVMFGAC]-[LIVMTADN]-[LIVFSA]-D-[ST]-G-[STAV]-[STAPDENQ]-{GQ}-[LIVMFSTNC]-{EGK}-[LIVMFGTA].;利用PHI-BLAST;;视角2：蛋白质的物理性质;较为常用的软件、网站;ExPASyProteomicsServer;

TheoreticalpI/Mw:8.88/161939.88;;跨膜区预测;螺旋卷曲结构的预测;蛋白质分析的巨无霸;AmiGO;GOA集大成者-UniProt;9月24日，瑞士生物信息学研究所(SwissInstituteofBioinformatics，简称SIB)蛋白质序列数据库(Swiss-Prot)小组的成员们在伯尔尼(Bern)大教堂外展开了一卷写满目前人类所知20325种人类蛋白质描述的长幅，以庆祝该研究所的10岁生日。;UniProtKnowledgebase〔UniProtKB〕：这是蛋白质序列、功能、分类、交叉引用等信息存取中心;人类肾上腺皮质激素受体蛋白在4.5亿年的时间里发生结构变化，

最终进化出了特定的功能。;UniProtKB是标准的GOA文件，在“Searchin”框中，选择“UniProtKnowledgebase〔UniProtKB〕”，首先是使用“search”的文本检索功能，在Query框中输入“glucocorticoidreceptorhuman”，旨在搜索人的肾上腺皮质激素受体。;熟悉一下UniProtRef;接下来进行聚类分析。点击“Align”，出现在序列框中是个该子集中的所有序列的序列号码，见以下图：;比对结果;基因组数据库;MAOA(单胺氧化酶A)基因启动子区可变串联重复序列数目

与反社会人格障碍攻击行为有关;谁更“毛利人”;ccggcaccggca;在基因组数据库中检索人的MAOA基因;MAOA的基因区间43491011;MAOA的启动子区间43400353;CCGGCACCGGCA;;建立文献数据库;选择第一项，建立一个新的EndNote文献数据库;在电脑里选择一个适宜的文件夹作为EndNote的数据库存放地。;进入PubMed，输入“hTERT”，选择;选择带有;点击Reference，选择Newreference，为数据库增加一篇新文献。;知道多少添多少;导入文献数据库;进入到PubMed的检索结果界面，选中目的文献。

在dislay框中选择MEDLINE;保存为MEDLINE格式的文件;保存在数据库中;导入文件;选择要导入的文件格式;SCI检索;://isiknowledge/wos;ThomsonISI;

;专利;原名：InstituteforScientificInformation

全球850名员工

总部在美国费城Philadelphia,USA

在伦敦、悉尼、巴西、墨西哥、东京、新加坡、汉城、北京等地设有办事处

隶属ThomsonScientific;Dr.EugeneGarfield:

美国信息科学协会〔ASIS〕前任主席

TheScientist主编;出版商：SCI数据库是由ISI公司出品，ISI现隶属于ThomsonCorporation集团——全球提供信息资源及信息效劳解决方案最领先的公司。

学科领域：ISIWebofScience包括ISI出版的三大引文索引数据库，覆盖了自然科学、工程技术、社会科学和艺术人文等领域百余个学科。

收录期刊及其揭示层次：收录约8500种学术期刊。提供所收录期刊中所有文献的详细书目信息、作者摘要和参考文献。;://isiknowledge/wos;选择感兴趣的文献;选择最后一项;导出;写文章，

插入参考文献、引用;写文献，插入引用

;将光标放在要插入引用的位置。

翻开EndNote，选择选中的文献;在工具栏当中选择InsertSeclectedCitation;结果如下：;插入一个注解，在光标放在解的位置

在工具栏当中选择InsertNote;输入注解内容;点击OK;