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文献解析|蛋白质组学分析揭示多组织中鳞状细
胞癌和腺癌的关键区别
鳞状细胞癌（SquamousCellCarcinoma，SCC）和腺癌（Adenocarcinoma，AC）是实体癌的两种主要组织学亚型，它们在发
病率、治疗方法和预后方面存在显著差异。然而，由于SCC可以起源于形态相似的不同器官，因此转移性SCC的来源往往难以确定。为
了更深入地理解这两种癌症类型之间的区别，特别是从蛋白质组学层面进行探究，本文将对一篇发表在NatureCommunications上的
重要文献进行详细解析。
一、研究背景与意义
人类实体癌症主要包括鳞状细胞癌和腺癌两种组织学亚型，这两种癌症在全球范围内造成了大量的发病率和死亡率。尽管通过更好
的理解肿瘤形成进展的分子机制，腺癌的诊断和治疗方案已经取得了一定的进展，但转移性鳞状细胞癌的诊断指标和治疗晚期鳞状细胞
癌的方法在很大程度上仍然不清楚。
鳞状细胞癌主要发生于单层扁平上皮，如肺、食道、上呼吸道或泌尿生殖系统等部位，其发生原因通常与暴露于某些危险因素有关，
如人乳头瘤病毒（HPV）感染、EB病毒感染、吸烟或日晒等。虽然临床上对这些癌症有一定的认识，但鳞状细胞癌具有共同的组织学特
征，如鳞状分化，这些特征对于预测转移发生时的起源位置是有限的。因此，确定转移性鳞状细胞癌的来源仍然是一个挑战。
此外，虽然有一些泛SCC的诊断标记，如P63，但由于其在其他肿瘤类型的反应性中较低，其特异性并不强。因此，迫切需要从蛋
白质组学层面进行更深入的研究，以揭示鳞状细胞癌和腺癌之间的关键区别，并为转移性鳞状细胞癌的诊断和治疗提供新的思路。
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二、研究方法与数据收集
本研究收集了来自初始治疗的SCC患者的333个原发性肿瘤样本，涵盖了10个常见SCC部位（鼻咽、口腔、喉咙、皮肤、食管、
肺、宫颈、阴茎、阴道、会阴）和7个罕见SCC部位（甲状腺、胸腺、乳房、胰腺、胆囊、膀胱、肛门）。所有样本均来自复旦大学中
山医院。
为了进行蛋白质组学分析，作者解析了肿瘤细胞占比大于80%的SCC区域，并在流式质谱分析仪上进行高分辨率分析。同时，作者
还采用了组织芯片免疫组化策略进行验证研究。
此外，研究还比较了333个SCCs和一个独立的ACs人群（包括69个AC患者的7个部位：乳房、甲状腺、肺、胃、胰腺、胆囊
和结肠）之间的功能差异。通过生物信息学分析，作者检测了SCCs和ACs之间的显著差异表达的蛋白，并进行了基因集富集分析（GSEA）
以揭示显著富集的通路。
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三、研究结果与发现
.SCCs与ACs的蛋白质组学特征比较
通过对SCCs和ACs的蛋白质组学特征进行比较，作者发现总共有1538个蛋白显著差异表达，其中643个蛋白在ACs中过表达，
895个蛋白在SCCs中过表达。GSEA显示，AC富集的蛋白在通路中显著富集，这些观察结果表明SCCs和ACs之间的显著差异符合原
始上皮组织的特性。
值得注意的是，AC富集通路细胞外基质（ECM）中的差异表达蛋白（DEPs）和葡萄糖代谢在ACs和SCCs中均显示出持续较差的
预后值，这表明无论肿瘤组织学类型如何，肿瘤代谢状态和微环境都可能促进肿瘤发生和进展。相反，角化中的DEPs则发挥相反的作
用，在SCCs中显示良好预后值，而在ACs中则不利。
此外，作者还构建了激酶、转录因子（TFs）和DEPs的调控网络，以进一步阐明ACs和SCCs之间差异的潜在机制。结果显示，参
与ECM和糖代谢的ACs中富集的DEPs是由一个8激酶-8TFs网络介导的