Southern步骤.doc
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Southern杂交
采用Roche 公司高辛标记试剂盒进行探针标记并进行Southern DNA分子杂交。
基因组 150~200 (g
10×限制酶缓冲液 50 (l
限制性内切酶 200 U
灭菌水 至总体积500 (l
混匀体系,37℃过夜酶切。
2)酶切产物电泳:
将酶切产物沉淀下来,并用50ul水溶解沉淀。制备0.8%琼脂糖凝胶,加5(l 10×loading buffer到50(l 的酶切消化产物中,上样并电泳,35V电泳过夜。
3.转膜
(1) 将凝胶加样孔及不含样品的多余部分切掉,置于0.25M HCl中浸泡10分钟;
(2) 用蒸馏水稍冲洗后,浸于变性液(0.5M NaOH,1.5M NaCl)中室温变性,15分钟2次共30分钟,其间轻摇数次;
(3) 用蒸馏水稍冲洗后,浸于中和液(0.5M Tris·Cl,pH7.4,1.5M NaCl)中于室温中和15分钟2次共30分钟,其间轻摇数次;
(4) 剪一张略大于凝胶块的滤纸及尼龙膜,蒸馏水浸润后置于×SSC中至少5分钟,剪去一角与凝胶块对应凝胶上,赶除气泡; (5) 真空转移,20×SSC中性转移缓冲液真空转移1.5-2小时,压力5 inch Hg;
4.固定DNA:
用UV交联仪(UPVL1000)将DNA固定在膜上
5.探针的标记???探针可以提前制备好,冻存。根据Roce公司的DIG标记试剂盒进行如下操作:(所用PCR仪 Thermo Electron PxE基本型PCR仪)
??? 在25μl反应体系中加入2.5μl 10×PCR buffer(MBI),2.5μl 10×PCR DIG DNA labeling Mix(Roce),25pmol上游引物,25pmol下游引物,0.5μlTaq(MBI),50pg模板DNA,同时用未标记DIG的dNTP(MBI )作对照反应。反应条件根据不同的模板稍有变动。反应结束后电泳检测标记效率,标记后的探针应比没有标记的产物分子量大,-20冻存备用。.杂交与检测(NBT/BCIP显色):(1) 将固定好的尼龙膜放于预杂交液中(10ml/100cm2膜),在杂交炉(Fisher分子杂交箱)中6保温4小时;
(2) 弃去预杂交液,按2.5ml/100cm2膜的量加入杂交液,杂交液中含DIG标记的探针(2μl DIG探针/1ml杂交液),6杂交16小时;
(3) 倒出杂交液,杂交液中含有未杂交的探针,放到-20度备用(4)用2×SSC,0.1% SDS溶液洗膜2×5分钟;
? (5) 用0.1×SSC,0.1% SDS溶液洗膜2×15分钟;
?(6)在杂交和严谨洗涤后,将膜置洗涤缓冲液浸润1~5min。
?(7)20~30ml 封闭液孵育 30min;
(8).取anti-DIG-AP(Roce),按1:5000稀释于封闭液中,取20ml该溶液浸泡尼龙膜,室温孵育30分钟;
?(9)用20~30ml洗涤液洗涤2×15min;
?(10)15ml 检测液中平衡2~5min;
?(11)显色:现配20ml 显色底物(NBT/BCIP) 暗处静置显色;
?(12)50ml灭菌水或TE洗膜5min终止显色,拍照保存,将膜封存于装有TE的塑料袋中,可长期保存。
????所涉及溶液的配制:
变性液?? 0.5mol/L? NaOH? 1.5 mol/L NaCl
中和液?? 0.5 mol/L Tris-HCl? 3 mol/L NaCl
漂洗液Washing Buffer(pH 7.5): 0.1mol/L??? Maleic acid(马来酸)
???????? 0.15mol/L??? NaCl
???????? 0.3 %(v/v) Tween20
马来酸Buffer? Maleic acid Buffer(pH 7.5): 0.1mol/L????? Maleic acid?
???????? 0.15mol/L???? NaCl
检测液Detection Buffer(pH 9.5): 0.1mol/L????? Tris-Cl
???????? 0.1mol/L????? Nacl
TE-buffer(pH 8.0):??????? 10mmol/L???? Tris-Cl
???????? 1mmol/L????? EDTA
20×SSC(pH 7.0):?????????? 3.0mol/
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