全基因组关联分析在水稻籽粒抗性淀粉含量研究中的应用.docx

全基因组关联分析在水稻籽粒抗性淀粉含量研究中的应用

目录

全基因组关联分析在水稻籽粒抗性淀粉含量研究中的应用（1）．．．．3

一、内容概括．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.1抗性淀粉的重要性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.2水稻籽粒抗性淀粉含量的研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.3全基因组关联分析的应用前景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

二、水稻籽粒抗性淀粉含量的基础研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

2.1抗性淀粉的概念及性质．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9

2.1.1抗性淀粉的定义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9

2.1.2抗性淀粉的性质和特点．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

2.1.3抗性淀粉的生理功能．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12

2.2水稻籽粒淀粉的合成与调控．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13

2.2.1淀粉合成途径及相关基因．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14

2.2.2淀粉合成关键酶的调控机制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15

三、全基因组关联分析技术及其应用流程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16

3.1全基因组关联分析技术概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17

3.1.1定义与原理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19

3.1.2技术发展历程及现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20

3.2全基因组关联分析技术应用流程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22

3.2.1样本选择和准备．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23

3.2.2基因组测序和数据分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24

3.2.3关联分析和结果解读．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26

四、全基因组关联分析在水稻籽粒抗性淀粉含量研究中的应用实践

4.1研究材料和方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27

4.1.1研究材料的选取与培育．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29

4.1.2实验设计和研究方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30

4.2数据分析与关联位点识别．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32

4.2.1数据预处理和质量控制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33

4.2.2关联分析和位点识别方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34

4.2.3关键基因和区域的确定和分析结果解读策略．．．．．．．．．．．．．．35

全基因组关联分析在水稻籽粒抗性淀粉含量研究中的应用（2）．．．37

内容简述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37

1.1研究背景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37

1.2抗性淀粉的重要性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38

1.3全基因组关联分析概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39

水稻籽粒抗性淀粉含量研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41

2.1抗性淀粉的生理功能．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41

2.2水稻抗性淀粉含量的影响因素．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43

2.3现有研究方法的局限性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．44

全基因组关联分析在水稻研究中的应用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．45

3.1GWAS的基本原理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．46

3.2GWAS在水