真核生物基因结构的预测分析7剖析.ppt

* NetGene2输出结果 供体位点 受体位点 可信度 相位 * mRNA剪切位点识别：Spidey NCBI开发的在线预测程序 用于mRNA序列同基因组序列比对分析 /spidey * Spidey同源序列的获得:序列比对 通过BLAST进行序列比对，找到可能同源的相似性好的一系列mRNA序列。 BLAST比对到的三条mRNA序列 * 输入基因组序列或序列数据库号 输入相似性序列 判断用于分析的序列间的差异，并调整比对参数 不受默认内含子长度限制， 默认长度：内部内含子 为35kb, 末端内含子为100kb 比对阈值 选择物种 输出格式选择 最小mRNA长度 * Spidey输出结果 第一条蓝色序列为基因组序列，橘黄色为外显子 外显子对应于 基因组上的 起始/结束位置 外显子对应于 mRNA/cDNA上的 起始/结束位置 供体、受体位点 外显子 长度 一致性 百分比 错配和gap 外显子 序号 序列联配结果 * Thanks! * * * * * 1.原核,简单的基因结构 2.真核 3.微生物，原核生物基因组 * * * * 真核生物基因结构的预测分析 动物科技学院 贾 斌 * 基因组序列cDNA序列 编码区预测 Codon bias GC Content 限制性酶切位点 基因结构分析 选择性剪切 转录调控因子 序列比对 功能注释 KEGG GO 系统发育树 蛋白质序列 翻译 蛋白质理化性质 二级结构预测 结构域分析 重要信号位点分析 三级结构预测 基因组功能分析 * 真核生物基因的主要结构 * 基因结构分析 开放读码框 GENSCAN CpG岛 CpGPlot 转录终止信号 POLYAH 启动子/转录起始位点 PromoterScan 密码子偏好分析 CodonW mRNA剪切位点 NETGENE2 Spidey 选择性剪切 ASTD 基因结构分析常用软件 * 开放读码框的识别 开放读码框（open reading frame, ORF) 是一段起始密码子和终止密码子之间的碱基序列 ORF 是潜在的蛋白质编码区 * 基因开放阅读框/基因结构分析识别工具 ORF Finder /gorf/gorf.html NCBI 通用 BestORF /berry.phtml?topic=bestorfgroup=programssubgroup=gfind Softberry 真核 GENSCAN /GENSCAN.html MIT 脊椎、拟南芥、玉米 Gene Finder /tools/genefinder/ Zhang lab 人、小鼠、拟南芥、酵母 FGENESH /berry.phtml?topic=fgeneshgroup=programssubgroup=gfind Softberry 真核(基因结构) GeneMark /GeneMark/eukhmm.cgi GIT 原核 GLIMMER /genomes/MICROBES/glimmer_3.cgi /software/glimmer Maryland 原核 Fgenes /berry.phtml?topic=fgenesgroup=programssubgroup=gfind Softberry 人（基因结构） FgeneSV /berry.phtml?topic=virusgroup=programssubgroup=gfindv Softberry 病毒 Generation /generation/ ORNL 原核 FGENESB /berry.phtml?topic=fgenesbgroup=programssubgroup=gfindb Softberry 细菌（基因结构） GenomeScan /genomescan.html MIT 脊椎、拟南芥、玉米 GeneWise2 http://www.ebi.ac.uk/Wise2/ EBI 人 GRAIL /grailexp/ ORNL 人、小鼠、拟南芥、果蝇 * ORF识别：GENSCAN /GENSCAN.html 结果返回到邮箱（可选） 提交序列 提交序列文件 运行GENSCAN 显示氨基酸或CDS序列 序列名称（可选） 是否显示非最优外显子 选择物种类型 * * * GENSCAN输出结果：文本 中间外显子 起始外显子 终止外显子 加尾信号 启动子 中间外显子 权重 * * 转录调控序列分析 CpG岛、启动子区域和转录终止信号的预测 * CpG岛的预测 CpG岛 常位于真核生物基因转录起始位点，GC含50% ，长度200bp的一段DNA序列。 * CpG Island 分析常用软件 CpG Island /cpgislands2/cpg.aspx W