Bioedit使用说明书讲义.ppt

BioEdit简介 BioEdit是一个性能优良的免费的生物序列编辑器，可在Windows 95/98/NT/2000中运行，它的基本功能是提供蛋白质、核酸序列的编辑、排列、处理和分析。 与DNAMAN相比，其分析内容相对丰富一些，而且提供了很多网络程序的分析界面和接口，与DNAMAN等软件配合使用更好。 尤其值得一提是利用BioEdit能够十分方面地根据指定的核酸序列绘制相应的质粒图谱。 序列的常规操作： 序列输入：多种序列输入方式； 序列分类：按标题、位置 、定义、参数、注释等分类； 成对排列：两序列的最佳排列及计算同一性和类似性； 序列屏蔽：仅采用联配中部分区域进行分析而排除其他。 核酸分析：组成、互补、反转、翻译、质粒、限制性内切酶； 蛋白质分析：氨基酸成分、疏水性轮廓 、疏水力矩平均数 翻译或反翻译：把DNA或RNA翻译成蛋白质； 切换翻译：在核酸和编码蛋白质序列中切换核苷酸序列； 点图[成对比较]：相互比较两序列的矩阵，生成一个点图。 主要内容 绘制质粒图 限制性内切酶图 蛋白质分析 组成分析 熵图 疏水性轮廓 联配中搜寻保守区 根据密码子的使用翻译核苷酸 RNA比较分析 共变 潜在配对 互交信息分析 一、绘制质粒图（Plasmind drawing） 4.General Vector properties 　　载体属性可通过选 “Vector” 菜单中的“Properties ”来更改 ： 二、Restriction Maps(限制性内切酶图) 1.氨基酸的组成 2.熵图 3.疏水性轮廓(profile) 5.平均瞬间疏水性轮廓 6.在联配中搜寻保守区 Segment Length: 20 Average entropy (Hx): 0.0155 Position 755 : 0.0000 Position 756 : 0.0000 Position 757 : 0.0000 Position 758 : 0.0708 Position 759 : 0.0000 Position 760 : 0.0000 Position 761 : 0.0000 Position 762 : 0.0000 Position 763 : 0.0000 Position 764 : 0.0708 Position 765 : 0.0000 Position 766 : 0.1679 Position 767 : 0.0000 Position 768 : 0.0000 Position 769 : 0.0000 Position 770 : 0.0000 Position 771 : 0.0000 Position 772 : 0.0000 Position 773 : 0.0000 Position 774 : 0.0000 Region 2: Position 1206 to 1222 Consensus: 1206 ACACGCGGGCUACAAUG 1222 ? Segment Length: 17 Average entropy (Hx): 0.0182 Position 1206 : 0.0000 Position 1207 : 0.0000 Position 1208 : 0.0000 Position 1209 : 0.0000 Position 1210 : 0.0708 Position 1211 : 0.0708 Position 1212 : 0.0000 Position 1213 : 0.1679 Position 1214 : 0.0000 Position 1215 : 0.0000 Position 1216 : 0.0000 Position 1217 : 0.0000 Position 1218 : 0.0000 Position 1219 : 0.0000 Position 1220 : 0.0000 Position 1221 : 0.0000 Position 1222 : 0.0000 BioEdit version 5.0.9 Conserved region search Alignment file: G:\Ribosomal_RNA\some_methanos.bio 5/10/99 9:34:06 PM ? Minimum segment length (actual for each seque