生物芯片分析.ppt

生物芯片(Biochip);本章提纲;第一节 生物芯片简介与沿革;;生物芯片分析基本流程;建立;;第二节 生物芯片的分类;一般分类;;第三节 基因芯片 ——基本原理、流程与应用;本节内容提要;简介;基因芯片发展历史;基因芯片;基因芯片的原理;核酸杂交;基因芯片的密度：100-1 million DNA 探针/1cm2;基因芯片流程;实验流程;;;基因表达情况的定量测定;基因芯片分类;Comparison of DNA Chip Technologies;基因芯片技术的类型;;两类主流的DNA芯片;(1) cDNA microarrays;Robot spotter;差异表达基因的筛选;;Genes;;;DNA chips的制备：Affymetrix photolitography;点样后的Gene chip;总结;基因芯片的实验流程;2. 图像处理与数据标准化;图像处理;基因表达量的定量;Microarray: 误差的来源;Microarray: 误差的来源;;数据标准化;3. 基因芯片的数据分析;(1) 差异表达基因的分析;统计学分析;P-value: 学生分布;P-value: 学生分布;Multiple Comparisons;False Discovery Rate (FDR);(2) 基因共表达分析;没有相关性？;基因相关性分析;Pearson相关系数;(3) 基因表达数据的聚类;Hierarchical clustering;K-means clustering;K-means clustering;K-means clustering;K-means clustering;K-means clustering;K-means clustering;(4) 基因表达数据的分类;Diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL);(5) Map to GO;GOToolBox;(6) Gene regulatory network;相关系数：基因共表达网络;相关系数：基因共表达网络;4. Microarray: 工具数据库;GEO - NCBI;Array Express - EMBL;SMD - Stanford;芯片技术的应用;;;;;;;;第四节 蛋白质芯片;;;;Interaction Arrays —— Proteins on Chip- Labelled Sample Caputure Arrays —— Antibody on Chip-Labelled Sample μELISA on Array —— Miniaturised Sandwich Assays Reversed Phased Arrays —— Multitude of arrayed Samples;Interaction Arrays;Capture Arrays;Sandwich Immunoassays;Reverse Phase Protein Microarrays;;蛋白质芯片的原理;;;蛋白质芯片的分类;与基因芯片的比较：;Protein chip的应用（理论上）;Protein chip的应用(具体的);第五节 组织芯片技术;高通量 多组织标本 同时、平行分析 同时研究一个或多个基因或蛋白的研究工具 高质、高效，省材，操作便捷 应用广泛;组织芯片的优点 ;组织芯片（意义）;组织芯片（国内外现状）;组织芯片库的构建;IHC流程图;ISH流程图;FISH流程??;IS-PCR流程图;药物筛选流程;the end