SN_T 4075-2014水稻细菌性条斑病菌、柑桔溃疡病菌、甘蓝黑腐病菌的基因芯片筛查方法.pdf

SN中华人民共和国出入境检验检疫行业标准SN/T 4075—2014水稻细菌性条斑病菌、柑桔溃疡病菌、甘蓝黑腐病菌的基因芯片筛查方法Screen of Xanthomonas oryzae pv. oryzicola , Xanthomonas axonopodis pv. citriand Xanthomonas campestris pv. campestris by gene array method2014-11-15 发布2015-05-01实施中华人民共和国发布国家质量监督检验检疫总局 中华人民共和国出入境检验检疫行业标准水稻细菌性条斑病菌、柑桔溃疡病菌、甘蓝黑腐病菌的基因芯片筛查方法SN/T4075—2014*中国标准出版社出版北京市朝阳区和平里西街甲2号（100029)北京市西城区三里河北街16号（100045)总编室：（010址 中国标准出版社秦皇岛印刷厂印刷*开本880×12301/16印张1字数26千字2016年1月第一版2016年1月第一次印刷印数1—1100*书号：155066·2-29390定价18.00元 SN/T 4075—2014前言.本标准按照GB/T1.1一2009给出的规则起草。请注意本文件的某些内容可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别这些专利的责任。本标准由国家认证认可监督管理委员会提出并归口。本标准起草单位：中华人民共和国深圳出入境检验检疫局、深圳市检验检疫科学研究院、中华人民共和国伊犁出人境检验检疫局。本标准主要起草人：龙海、李一农、李芳荣、凌杏园、余道坚、郑耘、冯建军、乾义柯。 SN/T 4075-2014水稻细菌性条斑病菌、柑桔溃疡病菌、甘蓝黑腐病菌的基因芯片筛查方法1范围本标准规定了进出境植物检疫中水稻细菌性条斑病菌（Xranthomonas oryzaepv.oryzicola；Xooc）、柑桔溃疡病菌（X.aonopodis pv.citri；Xac）和甘蓝黑腐病菌（X.campestris pv.campestris；Xcc)的基因芯片筛查方法。本标准适用于进出境水稻及其产品中水稻细菌性条斑病菌，芸香科植物及其产品中柑桔溃疡病菌和十字花科植物及其产品中甘蓝黑腐病菌的基因芯片筛查。2规范性引用文件下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单)适用于本文件。GB/T6682分析实验室用水规格和试验方法GB19489实验室生物安全通用要求SN/T2372水稻白叶枯病菌、水稻细菌性条斑病菌的检测方法SN/T2622柑桔溃疡病菌检疫鉴定方法3术语、定义和缩略语3.1术语和定义下列术语和定义适用于本文件。3.1.1基因芯片gene array核酸检测探针按照有序的行列格式点制在固相支持物上，通过特定温度下与相应样品进行杂交而用于样品中核酸种类定性分析的一种高通量技术。3.1.2基片substrate基因芯片中用于固定探针的基质，通常采用标准的“载玻片或其他固体载体”，经过化学修饰制备而成。3.1.3基因芯片探针DNAmicroarrayprobe基因芯片中固定于基质表面,能与样本DNA互补，用于探测样本DNA信息的核酸分子，多用寡核苷酸片段做探针。3.1.4定位探针positivepositionprobe是一段与待检测基因无关的寡核苷酸，通过和标记的定位探针互补链杂交显示信号，用于确定点样1 SN/T 4075—2014矩阵的位置。3.1.5阳性质控探针be用于样品抽提、PCR、杂交等反应体系的监控，一般用生物的管家基因来设计阳性质控探针。3.1.6阴性质控探针negativequalitycontrolprobe是一段与待检测基因无关的寡核苷酸，用于基因芯片非特异性杂交背景的监控。3.1.7基因芯片空白质控点noprobemicroarrayspot由不含核酸的点样液点制而成，用于基因芯片杂交背景的监控。3.1.8目标基因探针：probefortargetgene用于检测目标基因序列的探针。3.1.9信噪比signal noise ratio是杂交信号值与杂交背景值的比值，由图像分析软件自动判读。3.2缩略语下列缩略语适用于本文件。Cy5-dCTP：Cy5标记的脱氧胞苷三磷酸（cy5deoxycytidinetriphosphate）4实验室要求实验室设施应达到GB19489实验室技术要求。5.方法原理针对3种目标菌的铁载体受体（Putativesiderophorereceptor）基因序列和RNA多聚酶西格玛因子（RNA.polymerasesigmafactor，rpoD)基因序列设计引物和特异性探针。从待检样品中分离细菌，提取DNA为模板进行双重PCR